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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dnw | ||||||
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タイトル | Solution structure of RSGI RUH-059, an ACP domain of acyl carrier protein, mitochondrial [Precursor] from human cDNA | ||||||
要素 | Acyl carrier protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / acyl carrier protein / ACP / fatty acid biosynthesis (脂肪酸の合成) / mitochondria (ミトコンドリア) / NADH:ubiquinone oxidereductase / structural genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Complex I biogenesis / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Respiratory electron transport / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial large ribosomal subunit binding / [2Fe-2S] cluster assembly / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / acyl binding / iron-sulfur cluster assembly ...Complex I biogenesis / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Respiratory electron transport / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial large ribosomal subunit binding / [2Fe-2S] cluster assembly / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / acyl binding / iron-sulfur cluster assembly / acyl carrier activity / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / mitochondrial respiratory chain complex I / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / 細胞呼吸 / fatty acid binding / ミトコンドリア / fatty acid biosynthetic process / ミトコンドリア内膜 / ミトコンドリアマトリックス / calcium ion binding / ミトコンドリア / 核質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Abe, T. / Hirota, H. / Kurosaki, C. / Yoshida, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of RSGI RUH-059, an ACP domain of acyl carrier protein, mitochondrial [Precursor] from human cDNA 著者: Abe, T. / Hirota, H. / Kurosaki, C. / Yoshida, M. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dnw.cif.gz | 579.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dnw.ent.gz | 506 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dnw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/2dnw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/2dnw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10968.360 Da / 分子数: 1 / 断片: acyl carrier protein / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: NDUFAB1 / プラスミド: P050704-29 / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: O14561 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.91mM RSGI RUH-059 U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O, 90% H2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: JEOL ECA / 製造業者: JEOL / モデル: ECA / 磁場強度: 700 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy, target function | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |