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万見
- PDB-2dhd: CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF THE CATALYTIC MECHANISM OF HALOALKAN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dhd
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF THE CATALYTIC MECHANISM OF HALOALKANE DEHALOGENASE
要素HALOALKANE DEHALOGENASE
キーワードDEHALOGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


1,2-dichloroethane catabolic process / haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 1 / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Verschueren, K.H.G. / Dijkstra, B.W.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Crystallographic analysis of the catalytic mechanism of haloalkane dehalogenase.
著者: Verschueren, K.H. / Seljee, F. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of Haloalkane Dehalogenase: An Enzyme to Detoxify Halogenated Alkanes
著者: Franken, S.M. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Crystallization of Haloalkane Dehalogenase from Xanthobacter Autotrophicus Gj10
著者: Rozeboom, H.J. / Kingma, J. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録1993年9月8日処理サイト: BNL
改定 1.01994年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
Remark 700SHEET THE HELIX AND SHEET STRUCTURES ARE SIMILAR TO THOSE IN PROTEIN DATA BANK ENTRY 2HAD.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HALOALKANE DEHALOGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2742
ポリマ－35,2381
非ポリマー351
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.800, 72.800, 41.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 57 / 2: CIS PROLINE - PRO 168

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要素

#1: タンパク質 HALOALKANE DEHALOGENASE /


分子量: 35238.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
参照: UniProt: P22643, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: HALO_XANAU SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE ILE 120 LEU 120 THE SWISS-PROT ENTRY IS IN ERROR AND THE DEPOSITORS HAVE REQUESTED THAT THE SEQUENCE DATA BANKS MAKE THE PROPER CORRECTIONS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.39 %
結晶化
*PLUS
温度: 0 K / pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
160 %(w/v)sat1reservoir(NH4)2SO4
2100 mMbis-Tris1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.99 Å / Num. obs: 16812 / % possible obs: 82 % / Num. measured all: 39634 / Rmerge(I) obs: 0.0406

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.13→15 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数
obs0.189 14812
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2482 0 1 151 2634
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_angle_d / Dev ideal: 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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