+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dhc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF THE CATALYTIC MECHANISM OF HALOALKANE DEHALOGENASE | ||||||
要素 | HALOALKANE DEHALOGENASE | ||||||
キーワード | DEHALOGENASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 1,2-dichloroethane catabolic process / haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xanthobacter autotrophicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Verschueren, K.H.G. / Dijkstra, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1993 タイトル: Crystallographic analysis of the catalytic mechanism of haloalkane dehalogenase. 著者: Verschueren, K.H. / Seljee, F. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1991 タイトル: Crystal Structure of Haloalkane Dehalogenase: An Enzyme to Detoxify Halogenated Alkanes 著者: Franken, S.M. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988 タイトル: Crystallization of Haloalkane Dehalogenase from Xanthobacter Autotrophicus Gj10 著者: Rozeboom, H.J. / Kingma, J. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 700 | SHEET THE HELIX AND SHEET STRUCTURES ARE SIMILAR TO THOSE IN PROTEIN DATA BANK ENTRY 2HAD. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dhc.cif.gz | 74.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2dhc.ent.gz | 56 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dhc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/2dhc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/2dhc | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 57 / 2: CIS PROLINE - PRO 168 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35175.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthobacter autotrophicus (バクテリア) 参照: UniProt: P22643, haloalkane dehalogenase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-DCE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.6 % | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS 温度: 0 K / pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.39 Å / Num. obs: 11326 / % possible obs: 94.6 % / Num. measured all: 34590 / Rmerge(I) obs: 0.1244 |
---|
-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.3→15 Å / σ(F): 3 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.195 / 最高解像度: 2.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_angle_d |