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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2d7c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Rab11 in complex with FIP3 Rab-binding domain | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / GTP-ase (GTPアーゼ) / coiled-coil (コイルドコイル) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 postsynaptic recycling endosome membrane / regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of multivesicular body size / regulation of endocytic recycling / postsynaptic recycling endosome / establishment of protein localization to organelle / plasma membrane to endosome transport / establishment of vesicle localization / negative regulation of adiponectin secretion ...postsynaptic recycling endosome membrane / regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of multivesicular body size / regulation of endocytic recycling / postsynaptic recycling endosome / establishment of protein localization to organelle / plasma membrane to endosome transport / establishment of vesicle localization / negative regulation of adiponectin secretion / regulation of cilium assembly / exosomal secretion / amyloid-beta clearance by transcytosis / melanosome transport / astral microtubule organization / VxPx cargo-targeting to cilium / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / regulation of vesicle-mediated transport / RAB geranylgeranylation / myosin V binding / protein localization to cilium / multivesicular body assembly / dynein light intermediate chain binding / endocytic recycling / establishment of protein localization to membrane / protein localization to cell surface / TBC/RABGAPs / syntaxin binding / mitotic metaphase chromosome alignment / 細胞結合 / positive regulation of epithelial cell migration / エキソサイトーシス / 分裂溝 / endocytic vesicle / centriolar satellite / mitotic spindle assembly / phagocytic vesicle / 小胞 / vesicle-mediated transport / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / 中心小体 / エンドソーム / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / trans-Golgi network membrane / regulation of cytokinesis / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / protein localization to plasma membrane / ゴルジ体 / cytoplasmic vesicle membrane / recycling endosome / small GTPase binding / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / 紡錘体 / recycling endosome membrane / neuron projection development / endocytic vesicle membrane / midbody / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / vesicle / molecular adaptor activity / エンドソーム / 細胞周期 / 細胞分裂 / ゴルジ体 / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / calcium ion binding / protein-containing complex binding / GTP binding / ゴルジ体 / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ミトコンドリア / extracellular exosome / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Shiba, T. / Koga, H. / Shin, H.W. / Kawasaki, M. / Kato, R. / Nakayama, K. / Wakatsuki, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006 タイトル: Structural basis for Rab11-dependent membrane recruitment of a family of Rab11-interacting protein 3 (FIP3)/Arfophilin-1. 著者: Shiba, T. / Koga, H. / Shin, H.W. / Kawasaki, M. / Kato, R. / Nakayama, K. / Wakatsuki, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2d7c.cif.gz | 104.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2d7c.ent.gz | 84 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2d7c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/2d7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/2d7c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 18871.107 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 7-173 / 変異: Q70L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P62491 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5090.523 Da / 分子数: 2 / 断片: Rab-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O75154 |
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-非ポリマー , 4種, 415分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MES / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.37 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% iso-propanol, 3% (w/v) PEG 4000, 0.05M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 49404 / Num. obs: 49356 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.3 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.326 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→40 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→40 Å
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拘束条件 |
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