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- PDB-2cyy: Crystal structure of PH1519 from Pyrococcus horikosii OT3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cyy
タイトルCrystal structure of PH1519 from Pyrococcus horikosii OT3
要素Putative HTH-type transcriptional regulator PH1519
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / structural genomics (構造ゲノミクス) / Pyrococcus horikosii OT3 / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
AsnC-type helix-turn-helix domain / AsnC-type HTH domain profile. / Lrp/AsnC effector binding domain/regulation of amino acid metabolism (RAM) domain / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / AsnC-type HTH domain / Transcription regulator AsnC/Lrp, ligand binding domain / Lrp/AsnC ligand binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Dimeric alpha-beta barrel ...AsnC-type helix-turn-helix domain / AsnC-type HTH domain profile. / Lrp/AsnC effector binding domain/regulation of amino acid metabolism (RAM) domain / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / AsnC-type HTH domain / Transcription regulator AsnC/Lrp, ligand binding domain / Lrp/AsnC ligand binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Dimeric alpha-beta barrel / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グルタミン / HTH-type transcriptional regulator FL11
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Okazaki, N. / Nakano, N. / Shinkai, A. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of PH1519 from Pyrococcus horikosii OT3
著者: Okazaki, N. / Nakano, N. / Shinkai, A. / Yokoyama, S.
履歴
登録2005年7月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative HTH-type transcriptional regulator PH1519
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4746
ポリマ－17,1671
非ポリマー3065
水3,855214
1
A: Putative HTH-type transcriptional regulator PH1519
ヘテロ分子

A: Putative HTH-type transcriptional regulator PH1519
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,94812
ポリマ－34,3352
非ポリマー61310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
Buried area7090 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area14890 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)130.573, 130.573, 47.716
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2003-

CA

21A-2094-

HOH

31A-2148-

HOH

41A-2153-

HOH

51A-2154-

HOH

61A-2164-

HOH

71A-2165-

HOH

81A-2166-

HOH

91A-2167-

HOH

101A-2197-

HOH

111A-2206-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x+y, y,-z+1/2.

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要素

#1: タンパク質 Putative HTH-type transcriptional regulator PH1519


分子量: 17167.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL-X / 参照: UniProt: O59188
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GLN / GLUTAMINE / グルタミン / グルタミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5
詳細: 25.5% PEG4000, 0.085M Tris-HCl, 0.17M Li2(SO4), 15% Glycerol, pH 8.5, Microbatch, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.97901, 0.97940, 0.96000
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Bending Magnet / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979011
20.97941
30.961
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 22776 / Num. obs: 22776 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 23.1 % / Biso Wilson estimate: 18.612 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 21.9 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 8.84 / Num. unique all: 2239 / Rsym value: 0.341 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.58 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHPUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 1138 -RANDOM
Rwork0.219 ---
all0.22 22717 --
obs0.22 22717 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.72 Å2-0.9 Å20 Å2
2---2.72 Å20 Å2
3---5.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1191 0 14 214 1419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 151 -
Rwork0.239 --
obs-2780 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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