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- PDB-2cg4: Structure of E.coli AsnC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cg4
タイトルStructure of E.coli AsnC
要素REGULATORY PROTEIN ASNC
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / ASNC / DNA BINDING (デオキシリボ核酸) / FFRP / LRP FAMILY / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid binding / response to amino acid / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, AsnC-type, conserved site / AsnC-type HTH domain signature. / AsnC-type HTH domain profile. / Lrp/AsnC effector binding domain/regulation of amino acid metabolism (RAM) domain / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / AsnC-type HTH domain / Transcription regulator AsnC/Lrp, ligand binding domain / Lrp/AsnC ligand binding domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding ...Transcription regulator HTH, AsnC-type, conserved site / AsnC-type HTH domain signature. / AsnC-type HTH domain profile. / Lrp/AsnC effector binding domain/regulation of amino acid metabolism (RAM) domain / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / AsnC-type HTH domain / Transcription regulator AsnC/Lrp, ligand binding domain / Lrp/AsnC ligand binding domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / ArsR-like helix-turn-helix domain / Dimeric alpha-beta barrel / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アスパラギン / Regulatory protein AsnC
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Thaw, P. / Sedelnikova, S.E. / Muranova, T. / Wiese, S. / Ayora, S. / Alonso, J.C. / Brinkman, A.B. / Akerboom, J. / van der Oost, J. / Rafferty, J.B.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: Structural Insight Into Gene Transcriptional Regulation and Effector Binding by the Lrp/Asnc Family.
著者: Thaw, P. / Sedelnikova, S.E. / Muranova, T. / Wiese, S. / Ayora, S. / Alonso, J.C. / Brinkman, A.B. / Akerboom, J. / Van Der Oost, J. / Rafferty, J.B.
履歴
登録2006年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年4月28日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / reflns ...pdbx_database_status / reflns / reflns_shell / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_redundancy ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_redundancy / _reflns_shell.pdbx_redundancy / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REGULATORY PROTEIN ASNC
B: REGULATORY PROTEIN ASNC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2465
ポリマ－33,9572
非ポリマー2893
水2,432135
1
A: REGULATORY PROTEIN ASNC
B: REGULATORY PROTEIN ASNC
ヘテロ分子

A: REGULATORY PROTEIN ASNC
B: REGULATORY PROTEIN ASNC
ヘテロ分子

A: REGULATORY PROTEIN ASNC
B: REGULATORY PROTEIN ASNC
ヘテロ分子

A: REGULATORY PROTEIN ASNC
B: REGULATORY PROTEIN ASNC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,98420
ポリマ－135,8308
非ポリマー1,15412
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)103.117, 103.117, 52.401
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A70 - 150
2114B70 - 150

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要素

#1: タンパク質 REGULATORY PROTEIN ASNC


分子量: 16978.705 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: B834(DE3) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P0ACI6
#2: 化合物 ChemComp-ASN / ASPARAGINE / アスパラギン / アスパラギン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8N2O3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLY 37 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLY 37 TO GLU

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.3 %
結晶化pH: 8.7
詳細: 2.2M MAGNESIUM CHLORIDE, O.1M BICINE PH 8.7, 5MM L-ASPARAGINE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 21843 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: LOW RES ASNC FROM SELENO MET EXPERIMENT

解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 8.448 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 1103 5.1 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.232 20542 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.75 Å20 Å20 Å2
2---1.75 Å20 Å2
3---3.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2300 0 19 135 2454
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222350
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9711.9793180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6175296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.224.68194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.49315428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9011512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2640.21108
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.21599
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.2154
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3380.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2470.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.031.51513
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.86922410
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8293908
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5554.5770
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 642 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.120.5
medium thermal0.722
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.429 77
Rwork0.312 1531

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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