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- PDB-2bvk: Hyaluronan: the local solution conformation determined by NMR and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bvk
タイトルHyaluronan: the local solution conformation determined by NMR and computer modelling is close to a contracted left-handed four-fold helix
要素(0) x 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / HYALURONAN (ヒアルロン酸) / GLYCOSAMINOGLYCAN (グリコサミノグリカン) / CARBOHYDRATE (炭水化物) / N-ACETYL- GLUCOSAMINE / GLUCURONIC ACID (グルクロン酸) / EXTRACELLULAR MATRIX (細胞外マトリックス) / SIMLUATION / AQUEOUS MOLECULAR DYNAMICS / HYALURONIC ACID (ヒアルロン酸) / SODIUM HYALURONATE
手法溶液NMR / 理論モデル / MOLECULAR DYNAMICS CONFIRMED BY BA CALCULATION OF EXPERIMENTAL NMR PA
Model details50 NANOSECOND FREE MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION WITH EXPLIC INCLUSION OF WATER MOLECULES AND IONS ...50 NANOSECOND FREE MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION WITH EXPLIC INCLUSION OF WATER MOLECULES AND IONS AND A FORCE-FIELD DERIVED FOR CARBOHYRDRATES. THE DERIVED PDB STRUCTURE WAS THE AVERAGE CONFORMAT OBSERVED DURING THE MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION
Model type detailsMINIMIZED AVERAGE
データ登録者Almond, A. / DeAngelis, P.L. / Blundell, C.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Hyaluronan: The Local Solution Conformation Determined by NMR and Computer Modeling is Close to a Contracted Left-Handed 4-Fold Helix.
著者: Almond, A. / Deangelis, P.L. / Blundell, C.D.
履歴
登録2005年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年10月3日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5351
ポリマ－0
非ポリマー1,5351
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 250000AVERAGE CONFORMATION FROM A 50 NAN MOLECULAR DYNAMICS TRAJECTORY THAT EXPLICIT SOLVENT WATER AND CHARGE SODIUM IONS. THE 1-3 AND 1-4 LINKA FIXED AT (50.78, 9.78) AND (47.98, RESPECTIVELY USING THE H1-C1-OX-HX NOMENCLATURE
代表モデル

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要素

#1: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1535.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpAb1-3DGlcpNAcb1-4DGlcpAb1-3DGlcpNAcb1-4DGlcpAb1-3DGlcpNAcb1-4DGlcpAb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,8,7/[a2122A-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-1-2-1-2-1-2/a4-b1_b3-c1_c4-d1_d3-e1_e4-f1_f3-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
理論モデル
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111[1H-15N] HSQC
121[1H-1H-15N] NOESY-H
NMR実験の詳細Text: IONS AND WATER WERE REMOVED TO GENERATE ATOMIC COORDINATES

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試料調製

試料状態pH: 6.0 / 温度: 298 K

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データ収集

NMRスペクトロメータータイプ: GE OMEGA / 製造業者: GE / モデル: OMEGA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CHARMMBROOKS,BRUCCOLERI,OLAFSEN,STATES, SWAMINATHAN, KARPLUS精密化
CHARMM構造決定
精密化手法: MOLECULAR DYNAMICS CONFIRMED BY BA CALCULATION OF EXPERIMENTAL NMR PA
ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: AVERAGE CONFORMATION FROM A 50 NAN MOLECULAR DYNAMICS TRAJECTORY THAT EXPLICIT SOLVENT WATER AND CHARGE SODIUM IONS. THE 1-3 AND 1-4 LINKA FIXED AT (50.78, 9.78) ...コンフォーマー選択の基準: AVERAGE CONFORMATION FROM A 50 NAN MOLECULAR DYNAMICS TRAJECTORY THAT EXPLICIT SOLVENT WATER AND CHARGE SODIUM IONS. THE 1-3 AND 1-4 LINKA FIXED AT (50.78, 9.78) AND (47.98, RESPECTIVELY USING THE H1-C1-OX-HX NOMENCLATURE
計算したコンフォーマーの数: 250000 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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