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- PDB-2btv: ATOMIC MODEL FOR BLUETONGUE VIRUS (BTV) CORE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2btv
タイトルATOMIC MODEL FOR BLUETONGUE VIRUS (BTV) CORE
要素
  • PROTEIN (VP3 CORE PROTEIN)
  • PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
キーワードVIRUS (ウイルス) / VIRUS/VIRAL PROTEIN / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


viral outer capsid / virion component => GO:0044423 / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Bluetongue Virus 10, subunit 1; domain 3 / Bluetongue Virus 10, subunit 1, domain 3 / Bluetongue Virus 10, subunit 1; domain 1 / Bluetongue Virus 10, subunit 1, domain 1 / Orbivirus inner capsid protein VP7 / Orbivirus inner capsid protein VP7, N-terminal / Orbivirus inner capsid protein VP7, C-terminal / Orbivirus inner capsid protein VP7 / Jelly Rolls - #170 / Inner layer core protein VP3, Orbivirus ...Bluetongue Virus 10, subunit 1; domain 3 / Bluetongue Virus 10, subunit 1, domain 3 / Bluetongue Virus 10, subunit 1; domain 1 / Bluetongue Virus 10, subunit 1, domain 1 / Orbivirus inner capsid protein VP7 / Orbivirus inner capsid protein VP7, N-terminal / Orbivirus inner capsid protein VP7, C-terminal / Orbivirus inner capsid protein VP7 / Jelly Rolls - #170 / Inner layer core protein VP3, Orbivirus / Orbivirus VP3 (T2) protein / Inner layer core protein VP3, Reovirus / Virus capsid protein, alpha-helical / Viral capsid/haemagglutinin protein / Jelly Rolls / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Core protein VP7 / Core protein VP3
類似検索 - 構成要素
生物種Bluetongue virus (ブルータングウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Grimes, J.M. / Burroughs, J.N. / Gouet, P. / Diprose, J.M. / Malby, R. / Zientras, S. / Mertens, P.P.C. / Stuart, D.I.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: The atomic structure of the bluetongue virus core.
著者: Grimes, J.M. / Burroughs, J.N. / Gouet, P. / Diprose, J.M. / Malby, R. / Zientara, S. / Mertens, P.P. / Stuart, D.I.
履歴
登録1998年9月5日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (VP3 CORE PROTEIN)
B: PROTEIN (VP3 CORE PROTEIN)
P: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
C: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
D: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
Q: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
E: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
F: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
R: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
G: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
H: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
S: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
I: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
J: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
T: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)707,82415
ポリマ－707,82415
非ポリマー00
水0
1
A: PROTEIN (VP3 CORE PROTEIN)
B: PROTEIN (VP3 CORE PROTEIN)
P: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
C: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
D: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
Q: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
E: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
F: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
R: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
G: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
H: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
S: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
I: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
J: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
T: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,469,424900
ポリマ－42,469,424900
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: PROTEIN (VP3 CORE PROTEIN)
B: PROTEIN (VP3 CORE PROTEIN)
P: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
C: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
D: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
Q: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
E: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
F: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
R: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
G: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
H: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
S: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
I: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
J: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
T: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 3.54 MDa, 75 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,539,11975
ポリマ－3,539,11975
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: PROTEIN (VP3 CORE PROTEIN)
B: PROTEIN (VP3 CORE PROTEIN)
P: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
C: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
D: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
Q: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
E: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
F: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
R: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
G: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
H: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
S: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
I: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
J: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
T: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 4.25 MDa, 90 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,246,94290
ポリマ－4,246,94290
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: PROTEIN (VP3 CORE PROTEIN)
B: PROTEIN (VP3 CORE PROTEIN)
P: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
C: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
D: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
Q: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
E: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
F: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
R: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
G: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
H: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
S: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
I: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
J: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
T: PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN)
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 21.2 MDa, 450 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,234,712450
ポリマ－21,234,712450
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)795.600, 821.800, 753.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.80831985, -0.51865711, 0.27859258), (0.48134289, 0.30971414, -0.81999157), (0.3390104, 0.79691402, 0.5)-52.57042, 154.73241, 94.35
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16generate(0.03731423, -0.0013943, -0.99930261), (0.9986057, -0.03731423, 0.03734027), (-0.03734027, -0.99930261)188.5684, -7.04611, 188.7
17generate(-0.30928328, -0.81614338, -0.48811253), (0.80189061, -0.49973371, 0.32747162), (-0.51119008, -0.29013136, 0.80901699)92.10683, -61.79389, 36.03849
18generate(-0.80831985, -0.48134289, 0.3390104), (0.51865711, -0.30971414, 0.79691402), (-0.27859258, 0.81999157, 0.5)-63.97126, -150.37767, 94.35
19generate(-0.7701439, 0.54032428, 0.3390104), (0.54032428, 0.2701439, 0.79691402), (0.3390104, 0.79691402, -0.5)-63.97126, -150.37767, 283.04999
20generate(-0.2475133, 0.83694882, -0.48811253), (0.83694882, 0.43849631, 0.32747162), (0.48811253, -0.32747162, -0.80901699)92.10683, -61.79389, 341.3615
21generate(0.03731423, 0.9986057, 0.03734027), (-0.0013943, -0.03731423, 0.99930261), (0.99930261, -0.03734027)-7.04611, -188.5684, 188.7
22generate(0.52349232, 0.319686, -0.78978266), (0.319686, 0.78552467, 0.52986021), (0.78978266, -0.52986021, 0.30901699)149.03198, -99.98462, 130.38849
23generate(0.30928328, -0.80189061, -0.51119008), (0.81614338, 0.49973371, -0.29013136), (0.48811253, -0.32747162, 0.80901699)96.46157, 54.74779, 36.03849
24generate(-0.30928328, -0.81614338, 0.48811253), (0.80189061, -0.49973371, -0.32747162), (0.51119008, 0.29013136, 0.80901699)-92.10683, 61.79389, 36.03849
25generate(-0.4773694, 0.29662454, 0.82712293), (0.29662454, -0.83164759, 0.46944239), (0.82712293, 0.46944239, 0.30901699)-156.07809, -88.58378, 130.38849
26generate(-0.03731423, -0.9986057, 0.03734027), (0.0013943, 0.03731423, 0.99930261), (-0.99930261, 0.03734027)-7.04611, -188.5684, 188.7
27generate(-0.49817484, -0.26017204, 0.82712293), (0.35786195, 0.80719184, 0.46944239), (-0.78978266, 0.52986021, -0.30901699)-156.07809, -88.58378, 247.0115
28generate(-0.2475133, 0.83694882, 0.48811253), (0.83694882, 0.43849631, -0.32747162), (-0.48811253, 0.32747162, -0.80901699)-92.10683, 61.79389, 341.3615
29generate(0.36826467, 0.77657313, -0.51119008), (0.77657313, -0.55924768, -0.29013136), (-0.51119008, -0.29013136, -0.80901699)96.46157, 54.74779, 341.3615
30generate(0.49817484, -0.35786195, -0.78978266), (0.26017204, -0.80719184, 0.52986021), (-0.82712293, -0.46944239, -0.30901699)149.03198, -99.98462, 247.0115

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (VP3 CORE PROTEIN) / T2A / T2B


分子量: 103367.406 Da / 分子数: 2 / 断片: INNER LAYER CORE PROTEIN / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) (ブルータング)
属: Orbivirus / 生物種: Bluetongue virusブルータング / 株: STEROTYPE 1 (SOUTH AFRICA) / 参照: UniProt: P56582
#2: タンパク質
PROTEIN (VP7 CORE PROTEIN) / T13


分子量: 38545.301 Da / 分子数: 13 / 断片: OUTER LAYER CORE PROTEIN / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) (ブルータング)
属: Orbivirus / 生物種: Bluetongue virusブルータング / 株: STEROTYPE 1 (SOUTH AFRICA) / 参照: UniProt: P18259
構成要素の詳細CAPSID STRUCTURE OF THE CORE PARTICLE OF BTV. THIS LARGE MACROMOLECULAR ASSEMBLY CONTAINS ...CAPSID STRUCTURE OF THE CORE PARTICLE OF BTV. THIS LARGE MACROMOLECULAR ASSEMBLY CONTAINS APPROXIMATELY 1000 POLYPEPTIDE CHAINS. THIS CORE PARTICLE HAS A A DOUBLE SHELL ARCHITECTURE, WITH 780 COPIES OF VP7 CLOAKING AN INNER LAYER OF 120 COPIES OF VP3. THIS CAPSID ENCASES THE DSRNA GENOME WHICH HAS TRANSCRIPTASE, HELICASE AND GUANYLYLTRANSFERASE ACTIVITY ASSOCIATED WITH IT. THE MODEL CONTAINS 15 PROTEINS, 13 COPIES OF VP7 AND 2 COPIES OF VP3. THIS REPRESENTS THE VIRAL ASYMMETRIC UNIT. THE 13 COPIES OF VP7 ARE ARRANGED AS 4 AND 1/3 TRIMERS IN THE VIRAL ASYMMETRIC UNIT, REFERENCED AS TRIMERS VP7P VP7Q VP7R VP7S AND VP7T. VP3A IS THE FIRST MOLECULE OF VP3 (AS REFERENCED IN THE PAPER). IT IS IN ONE PIECE WITH SEGID 2011 AND RUNS FROM RESIDUE 57-901 IN THE ELECTRON DENSITY MAP. VP3B IS THE SECOND MOLECULE. IT IS IN 2 SEPERATE PIECES WITH SEGIDS 1011 AND 1021. IT RUNS FROM 7-803 AND 814-901 EACH TRIMER OF VP7 (EXCEPT T WHICH SITS ON THE ICOSAHEDRAL 3-FOLD AXIS) IS SPLIT INTO 3 MONOMERS VP7P MOLECULE 1 HAS SEGID 1101, VP7P MOLECULE 2 HAS SEGID 1201, VP7P MOLECULE 3 HAS SEGID 1301, VP7Q MOLECULE 1 HAS SEGID 2101, VP7Q MOLECULE 2 HAS SEGID 2201, VP7Q MOLECULE 3 HAS SEGID 2301, VP7R MOLECULE 1 HAS SEGID 3101, VP7R MOLECULE 2 HAS SEGID 3201, VP7R MOLECULE 3 HAS SEGID 3301, VP7S MOLECULE 1 HAS SEGID 4101, VP7S MOLECULE 2 HAS SEGID 4201, VP7S MOLECULE 3 HAS SEGID 4301, VP7T MOLECULE 1 HAS SEGID 5101. (THE TRIMER IS GENERATED BY THE ICOSAHEDRAL SYMMETRY)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1000

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試料調製

結晶解説: OVER 1000 CRYSTALS EXAMINED. DATA WERE COLLECTED DRUNIG 1995-1997. WAVELENGTHES BETWEEN 0.87 - 1.00.
結晶化pH: 8
詳細: 15% AMMONIUM SULPHATE 25% ETHYLENE GLYCOL 0.1M TRIS/HCL BUFFER PH8.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Burroughs, J.N., (1995) Virology, 210, 217.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
111-16 %satammonium sulfate1reservoir
20.1 MTris-HCl1reservoir
315 %ethylene glycol1reservoir
43 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 281 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 1
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→100 Å / Num. obs: 3299866 / % possible obs: 54 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Net I/σ(I): 2.9
反射 シェル解像度: 3.5→4 Å / 冗長度: 1.06 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 0.72 / % possible all: 7.8
反射
*PLUS
Num. obs: 21510811 / % possible obs: 53.5 % / Num. measured all: 3299866
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78 % / Rmerge(I) obs: 0.677

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→100 Å / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL ATOM RESTRAINT / σ(F): 0
詳細: BOND (A**2): 5.0 ANGLE (A**2): 8.3 METHOD USED: ADDITION OF BULK SOLVENT IN X-PLOR KSOL: 0.30 BSOL: 60.0
Rfactor反射数%反射
Rwork0.266 --
obs0.266 3291956 54 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49062 0 0 0 49062
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.406
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.43
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.23
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 100 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.43
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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