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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bri | ||||||
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タイトル | UMP KINASE FROM PYROCOCCUS FURIOSUS COMPLEXED WITH ITS SUBSTRATE ANALOG AMPPNP | ||||||
要素 | URIDYLATE KINASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / UMP KINASE / AMINO ACID KINASE / PHOSPHORYL GROUP TRANSFER / PYRIMIDINE BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UMP kinase / UMP kinase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / リン酸化 / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PYROCOCCUS FURIOSUS (ピュロコックス・フリオスス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Marco-Marin, C. / Gil-Ortiz, F. / Rubio, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: The Crystal Structure of Pyrococcus Furiosus Ump Kinase Provides Insight Into Catalysis and Regulation in Microbial Pyrimidine Nucleotide Biosynthesis. 著者: Marco-Marin, C. / Gil-Ortiz, F. / Rubio, V. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bri.cif.gz | 97.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2bri.ent.gz | 80.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bri.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/2bri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/2bri | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.31093, -0.81282, 0.4926), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24713.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) PYROCOCCUS FURIOSUS (ピュロコックス・フリオスス) プラスミド: PUKPFU / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8U122, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; リン酸基に移すもの #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.83 % / 解説: NOT DEPOSITED YET |
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: 3.5 M SODIUM FORMATE, pH 8.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.979471 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月8日 / 詳細: TOROIDAL MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SILICON (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979471 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→20 Å / Num. obs: 10646 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 5157585.2 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUN LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.9638 Å2 / ksol: 0.338637 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→19.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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