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- PDB-2bgl: X-Ray structure of binary-Secoisolariciresinol Dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bgl
タイトルX-Ray structure of binary-Secoisolariciresinol Dehydrogenase
要素RHIZOME SECOISOLARICIRESINOL DEHYDROGENASE
キーワードXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / DEHYDROGENASE (脱水素酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


secoisolariciresinol dehydrogenase / (-)-secoisolariciresinol dehydrogenase activity / lignan biosynthetic process / protein homotetramerization / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Xanthoxin dehydrogenase ABA2-like / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE (ACIDIC FORM) / Secoisolariciresinol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種PODOPHYLLUM PELTATUM (ポドフィルム)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Youn, B. / Moinuddin, S.G. / Davin, L.B. / Lewis, N.G. / Kang, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structures of Apo-Form and Binary/Ternary Complexes of Podophyllum Secoisolariciresinol Dehydrogenase, an Enzyme Involved in Formation of Health-Protecting and Plant Defense Lignans
著者: Youn, B. / Moinuddin, S.G. / Davin, L.B. / Lewis, N.G. / Kang, C.
履歴
登録2004年12月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHIZOME SECOISOLARICIRESINOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9492
ポリマ－29,2851
非ポリマー6631
水50428
1
A: RHIZOME SECOISOLARICIRESINOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: RHIZOME SECOISOLARICIRESINOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: RHIZOME SECOISOLARICIRESINOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: RHIZOME SECOISOLARICIRESINOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,7948
ポリマ－117,1414
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation11_555-x+1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation14_555-x+1/2,-y+1/2,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.510, 118.910, 132.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

#1: タンパク質 RHIZOME SECOISOLARICIRESINOL DEHYDROGENASE


分子量: 29285.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PODOPHYLLUM PELTATUM (ポドフィルム)
プラスミド: PTRCHIS2-TOPO TA VECTOR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q94KL8
#2: 化合物 ChemComp-NAJ / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE (ACIDIC FORM) / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.24 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 5752 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.58 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORNULL精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BGK

1bgk


解像度: 2.8→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 -5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.201 4585 99.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1985 0 44 28 2057
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg4.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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