[日本語] English
万見
- PDB-2axh: Crystal structures of T cell receptor beta chains related to rheu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2axh
タイトルCrystal structures of T cell receptor beta chains related to rheumatoid arthritis
要素T cell receptor beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / TCR
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / 獲得免疫系 ...alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / 獲得免疫系 / 免疫応答 / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor beta constant 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Li, H. / Van Vranken, S. / Zhao, Y. / Li, Z. / Guo, Y. / Eisele, L. / Li, Y.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Crystal structures of T cell receptor (beta) chains related to rheumatoid arthritis.
著者: Li, H. / Van Vranken, S. / Zhao, Y. / Li, Z. / Guo, Y. / Eisele, L. / Li, Y.
履歴
登録2005年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: T cell receptor beta chain
B: T cell receptor beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2152
ポリマ－55,2152
非ポリマー00
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area23280 Å2
手法PISA
2
A: T cell receptor beta chain
B: T cell receptor beta chain
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)331,28712
ポリマ－331,28712
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/21
crystal symmetry operation11_554-x+y,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/21
Buried area41980 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area117140 Å2
手法PISA
3
A: T cell receptor beta chain
B: T cell receptor beta chain

A: T cell receptor beta chain
B: T cell receptor beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,4294
ポリマ－110,4294
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/21
Buried area10740 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area42300 Å2
手法PISA
4
A: T cell receptor beta chain

A: T cell receptor beta chain

B: T cell receptor beta chain

B: T cell receptor beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,4294
ポリマ－110,4294
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/21
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/21
Buried area7150 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area45890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.334, 187.334, 86.279
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-276-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 T cell receptor beta chain


分子量: 27607.275 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain / 変異: F104Y, C187S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P01850
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.6-0.7m sodium citrate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2510.9794
シンクロトロンNSLS X2520.9798
シンクロトロンNSLS X2530.93
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2003年6月8日
2
3
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111MADMx-ray1
2Mx-ray1
3Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97981
30.931
反射解像度: 2.7→39.2 Å / Num. all: 24987 / Num. obs: 24387 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 79.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 35
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Rsym value: 0.478 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→39.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2028564.99 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1802 7.4 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.237 24387 97.6 %-
all-24987 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.2572 Å2 / ksol: 0.359192 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.95 Å24.44 Å20 Å2
2---2.95 Å20 Å2
3---5.89 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3884 0 0 90 3974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 302 7.4 %
Rwork0.317 3768 -
obs--99.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater_rep.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る