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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2aqy | ||||||
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タイトル | (3+1) assembly of three human telomeric DNA repeats into an asymmetrical dimeric G-quadruplex | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / (3+1) G-quadruplex assembly / asymmetric dimeric G-quadruplex / telomeric DNA. | ||||||
機能・相同性 | デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | 溶液NMR / distance geometry simulated annealing, molecular dynamics matrix relaxation | ||||||
データ登録者 | Zhang, N. / Phan, A.T. / Patel, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2005 タイトル: (3 + 1) Assembly of three human telomeric repeats into an asymmetric dimeric G-quadruplex 著者: Zhang, N. / Phan, A.T. / Patel, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2aqy.cif.gz | 145.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2aqy.ent.gz | 120.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2aqy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/2aqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/2aqy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5050.259 Da / 分子数: 1 / 断片: three repeats of human telomeric DNA / 変異: G2(OIP) / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence occurs naturally in homo sapiens (human). |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 1850.226 Da / 分子数: 1 / 断片: single repeats of human telomeric DNA / 変異: T22(DU) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: T22(DU) mutation |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: distance geometry simulated annealing, molecular dynamics matrix relaxation ソフトェア番号: 1 詳細: Additional comments about the NMR refinement can be placed here, e.g. the structures are based on a total of 517 restraints, 466 are NOE-derived distance constraints, 22 dihedral angle ...詳細: Additional comments about the NMR refinement can be placed here, e.g. the structures are based on a total of 517 restraints, 466 are NOE-derived distance constraints, 22 dihedral angle restraints,51 distance restraints from hydrogen bonds. | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted,back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with acceptable covalent geometry,structures with ...コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted,back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy,target function 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |