- PDB-2ap9: Crystal structure of acetylglutamate kinase from Mycobacterium tu... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2ap9
タイトル
Crystal structure of acetylglutamate kinase from Mycobacterium tuberculosis CDC1551
要素
acetylglutamate kinase
キーワード
SIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Protein Structure Initiative / NYSGXRC / T1702 / acetylglutamate kinase / PSI / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報
acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / arginine biosynthetic process via ornithine / arginine biosynthetic process / 細胞壁 / arginine binding / peptidoglycan-based cell wall / リン酸化 / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能
タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月7日 詳細: Vertical focussing mirror down stream of monochromator
放射
モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 94360 / Num. obs: 94360 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.17 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 14.61
反射 シェル
解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / Num. unique all: 6358 / Rsym value: 0.497 / % possible all: 63.5
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
MLPHARE
位相決定
CNS
1.1
精密化
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→48.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 178264.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Certain regions of the model do not have well defined electron density. These are residues 143-152 and 222-231. Two solvent peaks have been refined as Magnesium ions, and one solvent peak has ...詳細: Certain regions of the model do not have well defined electron density. These are residues 143-152 and 222-231. Two solvent peaks have been refined as Magnesium ions, and one solvent peak has be refined as a Nickle ion (as it is bound to His6 rag).