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- PDB-2ak5: beta PIX-SH3 complexed with a Cbl-b peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ak5
タイトルbeta PIX-SH3 complexed with a Cbl-b peptide
要素
  • 8-residue peptide from a signal transduction protein CBL-B
  • Rho guanine nucleotide exchange factor 7
キーワードENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / adaptor proteins / Cin85 / PIX/COOL / Cbl / protein-protein interaction (タンパク質間相互作用) / endocytosis (エンドサイトーシス) / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


presynaptic actin cytoskeleton organization / negative regulation of microtubule nucleation / Ephrin signaling / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / EGFR downregulation / G alpha (12/13) signalling events / RHOQ GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle ...presynaptic actin cytoskeleton organization / negative regulation of microtubule nucleation / Ephrin signaling / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / EGFR downregulation / G alpha (12/13) signalling events / RHOQ GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / storage vacuole / astrocyte cell migration / positive regulation of growth hormone secretion / postsynaptic actin cytoskeleton organization / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / gamma-tubulin binding / lamellipodium assembly / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / NLS-bearing protein import into nucleus / small GTPase-mediated signal transduction / mitotic spindle pole / Golgi organization / Rho protein signal transduction / GABA-ergic synapse / hematopoietic progenitor cell differentiation / ruffle / phosphotyrosine residue binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of protein ubiquitination / protein catabolic process / RING-type E3 ubiquitin transferase / receptor tyrosine kinase binding / SH3 domain binding / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / lamellipodium / 細胞皮質 / 成長円錐 / T cell receptor signaling pathway / postsynapse / protein ubiquitination / neuron projection / intracellular signal transduction / 免疫応答 / positive regulation of apoptotic process / 脂質ラフト / focal adhesion / 中心体 / neuronal cell body / calcium ion binding / protein kinase binding / シグナル伝達 / protein-containing complex / zinc ion binding / 核質 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Rho guanine nucleotide exchange factor 6/7, coiled-coil domain / betaPIX coiled coil / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain / RhoGEF 6/7, PH domain / Unstructured region two on RhoGEF 6 and 7 / E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B, RING finger, HC subclass / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain ...Rho guanine nucleotide exchange factor 6/7, coiled-coil domain / betaPIX coiled coil / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain / RhoGEF 6/7, PH domain / Unstructured region two on RhoGEF 6 and 7 / E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B, RING finger, HC subclass / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Ubiquitin associated domain / Variant SH3 domain / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / SH3 Domains / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / PH domain / 薬指 / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / EF-hand domain pair / PH-like domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho guanine nucleotide exchange factor 7 / E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Jozic, D. / Cardenes, N. / Deribe, Y.L. / Moncalian, G. / Hoeller, D. / Groemping, Y. / Dikic, I. / Rittinger, K. / Bravo, J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Cbl promotes clustering of endocytic adaptor proteins.
著者: Jozic, D. / Cardenes, N. / Deribe, Y.L. / Moncalian, G. / Hoeller, D. / Groemping, Y. / Dikic, I. / Rittinger, K. / Bravo, J.
履歴
登録2005年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年8月23日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
B: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
D: 8-residue peptide from a signal transduction protein CBL-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5893
ポリマ－15,5893
非ポリマー00
水2,954164
1
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
B: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
D: 8-residue peptide from a signal transduction protein CBL-B

A: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
B: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
D: 8-residue peptide from a signal transduction protein CBL-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1786
ポリマ－31,1786
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_565x-y,-y+1,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)69.338, 69.338, 58.113
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Rho guanine nucleotide exchange factor 7 / PAK-interacting exchange factor beta / Beta-Pix


分子量: 7290.925 Da / 分子数: 2 / 断片: beta-pix SH3A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O55043
#2: タンパク質・ペプチド 8-residue peptide from a signal transduction protein CBL-B


分子量: 1007.236 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 904-911 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide can be naturally found in Homo sapiens (Human)Cbl-b
参照: UniProt: Q13191
#3: 水 ChemComp-HOH / water / SH3-binding protein CBL-B / RING finger protein 56 / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.43 %
結晶化温度: 291 K / pH: 6.5
詳細: PEG 3000, SODIUM CITRATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K, pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→26.17 Å / Num. obs: 14106 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2.94 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 31.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.93 Å / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1SEM

1sem


解像度: 1.85→26.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9263 / SU B: 9.0032 / SU ML: 0.1122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.3046 / ESU R Free: 0.1528
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 -4.9993 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.2202 13340 99.5181 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20.02 Å2-
2--0.04 Å2-
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→26.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1052 0 0 164 1216
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d00.0211083
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.041.8921465
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.053129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg20.315189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg0.070.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg00.02853
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.230.3496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.5209
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.260.363
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.050.51
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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