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万見
- PDB-2a72: Structure of the regulator of G-protein signaling domain of RGS7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a72
タイトルStructure of the regulator of G-protein signaling domain of RGS7
要素Regulator of G-protein signalling 7
キーワードSIGNALING PROTEIN / Human RGS7 / regulator of G-protein signaling 7 / GTPase-activating proteins (GAP) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein alpha-subunit binding / response to amphetamine / GTPase activator activity / positive regulation of GTPase activity / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / G-protein beta-subunit binding / 核膜 ...negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein alpha-subunit binding / response to amphetamine / GTPase activator activity / positive regulation of GTPase activity / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / G-protein beta-subunit binding / 核膜 / G alpha (i) signalling events / response to ethanol / neuron projection / intracellular signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / protein-containing complex / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / : / Regulator of G-protein signalling, DHEX domain / Regulator of G-protein signalling DHEX domain / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain ...: / : / Regulator of G-protein signalling, DHEX domain / Regulator of G-protein signalling DHEX domain / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of G-protein signaling 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Schoch, G.A. / Johansson, C. / Phillips, C. / Debreczeni, J. / Smee, C. / Elkins, J.M. / Sundstrom, M. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / von Delft, F. ...Schoch, G.A. / Johansson, C. / Phillips, C. / Debreczeni, J. / Smee, C. / Elkins, J.M. / Sundstrom, M. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / von Delft, F. / Gileadi, O. / Doyle, D.A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural diversity in the RGS domain and its interaction with heterotrimeric G protein alpha-subunits.
著者: Soundararajan, M. / Willard, F.S. / Kimple, A.J. / Turnbull, A.P. / Ball, L.J. / Schoch, G.A. / Gileadi, C. / Fedorov, O.Y. / Dowler, E.F. / Higman, V.A. / Hutsell, S.Q. / Sundstrom, M. / ...著者: Soundararajan, M. / Willard, F.S. / Kimple, A.J. / Turnbull, A.P. / Ball, L.J. / Schoch, G.A. / Gileadi, C. / Fedorov, O.Y. / Dowler, E.F. / Higman, V.A. / Hutsell, S.Q. / Sundstrom, M. / Doyle, D.A. / Siderovski, D.P.
履歴
登録2005年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source / _diffrn_source.type
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 300BIOMOLECULE: Two biological units are present in the asymmetric unit that are formed from the ...BIOMOLECULE: Two biological units are present in the asymmetric unit that are formed from the combinations of residues 320 to 414 of chain A with 415 to 450 of chain B and residues 320 to 414 of chain B with 415 to 450 of chain A.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulator of G-protein signalling 7
B: Regulator of G-protein signalling 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3123
ポリマ－34,2772
非ポリマー351
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area15130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.915, 106.033, 52.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 326 - 443 / Label seq-ID: 9 - 126

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Regulator of G-protein signalling 7


分子量: 17138.375 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 320-463 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pLIC-SGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49802
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 3350, (NH4)2SO4, BIS-TRIS, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.93 Å / Num. all: 19896 / Num. obs: 19896 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2457 / Rsym value: 0.536 / % possible all: 81.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FQJ_B.pdb

解像度: 2→53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 9.269 / SU ML: 0.136 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2489 1028 5.2 %RANDOM
Rwork0.18425 ---
all0.18756 18842 --
obs0.18756 18842 95.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å20 Å20.5 Å2
2---1.7 Å20 Å2
3---1.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2167 0 1 231 2399
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222239
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021983
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2371.9573023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85734627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9525268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.21723.739115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.97315398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.81518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02480
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2513
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1730.21879
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.21099
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21113
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2169
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2410.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6791.51395
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1591.5532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.95122156
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7613996
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7994.5865
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
692medium positional0.180.5
1134loose positional0.625
692medium thermal0.442
1134loose thermal0.9610
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 58 -
Rwork0.291 1084 -
obs--73.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.38340.1271-0.62375.99621.63941.9808-0.0146-0.0002-0.1141-0.3795-0.0299-0.6755-0.0442-0.03920.0444-0.16950.00070.0455-0.10150.0331-0.06939.56712.387433.8216
21.34971.6077-0.612812.0316-8.15637.37170.1724-0.1943-0.04980.2661-0.13920.0585-0.09750.0245-0.0332-0.1966-0.037-0.0334-0.0805-0.0528-0.21246.4066-37.086241.7432
31.2146-0.36930.15255.0849-2.34562.4870.1117-0.02140.0353-0.2917-0.11760.08590.05290.12250.0059-0.1375-0.027-0.0324-0.1084-0.0433-0.20836.2798-35.128333.5945
41.091.98160.16869.91176.42176.69790.153-0.2499-0.14270.2433-0.2077-0.30990.0565-0.03070.0546-0.230.0021-0.0331-0.07020.0452-0.09988.68614.203741.949
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA318 - 4131 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2AA414 - 45097 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3BB318 - 4131 - 96
4X-RAY DIFFRACTION4BB414 - 45097 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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