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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 232l | ||||||
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タイトル | T4 LYSOZYME MUTANT M120K | ||||||
要素 | T4 LYSOZYME | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / O-GLYCOSYL / GLYCOSIDASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.73 Å | ||||||
データ登録者 | Lipscomb, L.A. / Drew, D.L. / Gassner, N. / Baase, W.A. / Matthews, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: Context-dependent protein stabilization by methionine-to-leucine substitution shown in T4 lysozyme. 著者: Lipscomb, L.A. / Gassner, N.C. / Snow, S.D. / Eldridge, A.M. / Baase, W.A. / Drew, D.L. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 232l.cif.gz | 47.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb232l.ent.gz | 33.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 232l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/32/232l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/32/232l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18626.348 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, C97A, M120K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato 解説: MUTANT GENE DERIVED FROM THE M13 PLASMID BY CLONING THE T4 LYSOZYME GENE 細胞株: S2 / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 遺伝子: T4 LYSOZYME / プラスミド: M13 / 遺伝子 (発現宿主): T4 LYSOZYME / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RR1 / 参照: UniProt: P00720, リゾチーム | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-BME / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.77 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: M120K WAS AT 32MG/ML IN A BUFFER CONTAINING 0.1M NA2PO4 PH 6.6, 0.55 M NACL. IT WAS DILUTED BY 1/2 WITH A SOLUTION 2.0M IN NA/KPO4 PH 7.1. THIS WAS ALSO THE WELL SOLUTION. HANGING DROP ...詳細: M120K WAS AT 32MG/ML IN A BUFFER CONTAINING 0.1M NA2PO4 PH 6.6, 0.55 M NACL. IT WAS DILUTED BY 1/2 WITH A SOLUTION 2.0M IN NA/KPO4 PH 7.1. THIS WAS ALSO THE WELL SOLUTION. HANGING DROP METHODS WERE USED., pH 7.0, vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K PH範囲: 6.3-7.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: protein solution is mixed in a 1:1 ratio with precipitant solution | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年1月1日 / 詳細: GRAPHITE MONOCHROMATOR |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 14179 / % possible obs: 67 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 12.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.94 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.172 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 59.4 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 59.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.73→30 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V1.0 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 412.5 Å2 / ksol: 0.941 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.73→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.014 / Weight: 5 |