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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 208d | ||||||||||||||||||
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タイトル | HIGH-RESOLUTION STRUCTURE OF A DNA HELIX FORMING (C.G)*G BASE TRIPLETS | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / B-DNA / DOUBLE HELIX / BASE TRIPLET | 機能・相同性 | デオキシリボ核酸 | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | データ登録者 | Van Meervelt, L. / Vlieghe, D. / Dautant, A. / Gallois, B. / Precigoux, G. / Kennard, O. | 引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1995 タイトル: High-resolution structure of a DNA helix forming (C.G)*G base triplets. 著者: Van Meervelt, L. / Vlieghe, D. / Dautant, A. / Gallois, B. / Precigoux, G. / Kennard, O. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996 タイトル: Formation of (C.G)*G Triplets in a B-DNA Duplex with Overhanging Bases 著者: Vlieghe, D. / Van Meervelt, L. / Dautant, A. / Gallois, B. / Precigoux, G. / Kennard, O. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 208d.cif.gz | 21 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb208d.ent.gz | 13.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 208d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/08/208d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/08/208d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2755.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 289.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / pH: 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年5月2日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. all: 22402 / Num. obs: 2824 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.036 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.05 Å / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: BDL001 解像度: 2.05→8 Å / σ(F): 4 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.05 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 18.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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