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- PDB-1zkp: 1.5A Resolution Crystal Structure of a Metallo Beta Lactamase Fam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zkp
タイトル1.5A Resolution Crystal Structure of a Metallo Beta Lactamase Family Protein, the ELAC Homolgue of Bacillus anthracis, a Putative Ribonuclease
要素hypothetical protein BA1088仮説
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / Zinc Binding Protein (ジンクフィンガー) / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Beta-lactamase superfamily domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lactamase_B domain-containing protein / Lactamase_B domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis str. (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.502 Å
データ登録者Brunzelle, J.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Collart, F.R. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.5A Resolution Crystal Structure of a Metallo Beta Lactamase Family Protein, the ELAC Homolgue of Bacillus anthracis, a Putative Ribonuclease
著者: Brunzelle, J.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Collart, F.R. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2005年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein BA1088
B: hypothetical protein BA1088
C: hypothetical protein BA1088
D: hypothetical protein BA1088
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,96517
ポリマ－119,3144
非ポリマー65113
水24,7711375
1
A: hypothetical protein BA1088
C: hypothetical protein BA1088
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9658
ポリマ－59,6572
非ポリマー3086
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area18570 Å2
手法PISA
2
B: hypothetical protein BA1088
D: hypothetical protein BA1088
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0009
ポリマ－59,6572
非ポリマー3437
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.375, 91.190, 78.466
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
hypothetical protein BA1088 / 仮説


分子量: 29828.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. (炭疽菌) / 生物種: Bacillus anthracis炭疽菌 / 株: Ames / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q81U06, UniProt: A0A6L8PRK4*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
1238.3
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2981蒸気拡散法5.60.2M Ammonoum Sulfate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate ph 5.6, 30% w/v PEG 4000 0.5M NaCl, ZnCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
2982蒸気拡散法5.60.2M Ammonoum Sulfate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate ph 5.6, 30% w/v PEG 40000.5M NaCl, ZnCl , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
199.81
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 32-ID10.9792
シンクロトロンAPS 5ID-B21
検出器
タイプID検出器日付詳細
MAR CCD 165 mm1CCD2005年3月18日mirrors
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2005年3月26日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Diamond 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
211
反射解像度: 1.5→25 Å / Num. obs: 148486 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.05
反射 シェル解像度: 1.5→1.57 Å / 冗長度: 8.86 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 29285 / % possible all: 77.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
SHARP位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.502→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.125 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18009 7103 5 %RANDOM
Rwork0.14736 ---
all0.14902 135032 --
obs0.14902 135032 95.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.163 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å20 Å20.21 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.502→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7741 0 13 1375 9129
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0218280
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2511.93511336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.25651061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.73924.759374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.82151261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1821512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.24082
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.25689
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1120.21218
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0580.228
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1110.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.030.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2291.55172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.99228401
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.08933191
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6974.52935
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.502→1.541 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 438 -
Rwork0.169 8778 -
obs--84.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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