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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zca | ||||||
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タイトル | Crystal structure of G alpha 12 in complex with GDP, Mg2+ and AlF4- | ||||||
要素 | G alpha i/12 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / GTP-binding / Lipoprotein (リポタンパク質) / Membrane (生体膜) / Palmitate (パルミチン酸) / Transducer (トランスデューサー) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D5 dopamine receptor binding / regulation of fibroblast migration / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (12/13) signalling events / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / regulation of TOR signaling / embryonic digit morphogenesis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation ...D5 dopamine receptor binding / regulation of fibroblast migration / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (12/13) signalling events / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / regulation of TOR signaling / embryonic digit morphogenesis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Rho protein signal transduction / lateral plasma membrane / G protein-coupled receptor binding / brush border membrane / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein complex / regulation of cell shape / in utero embryonic development / 細胞分化 / intracellular signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Nance, M.R. / Tesmer, J.J.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006 タイトル: A new approach to producing functional G alpha subunits yields the activated and deactivated structures of G alpha(12/13) proteins. 著者: Kreutz, B. / Yau, D.M. / Nance, M.R. / Tanabe, S. / Tesmer, J.J. / Kozasa, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zca.cif.gz | 144.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zca.ent.gz | 110.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zca.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/1zca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/1zca | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41952.535 Da / 分子数: 2 断片: N-terminal residues 1-28 of G alpha i followed by residues 49-379 of G alpha 12 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pFastBacHTa 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P27600 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000 (14%), Sodium Citrate (100 mM), NaCl (50 mM), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月14日 / 詳細: Si(111) double-crystal monochromator |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→29.1 Å / Num. all: 15297 / Num. obs: 15297 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 2.2 % / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / Num. unique all: 589 / Rsym value: 0.296 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ZCB 解像度: 2.9→29.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.873 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.801 / SU B: 21.827 / SU ML: 0.402 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.551 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS refinement was utilizied.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.436 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.1 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.976 Å / Total num. of bins used: 20
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