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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z6p | ||||||
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タイトル | Glycogen phosphorylase AMP site inhibitor complex | ||||||
要素 | Glycogen phosphorylase, muscle formグリコーゲンホスホリラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / GLYCOGEN METABOLISM / GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B / INHIBITION (酵素阻害剤) / allosteric (アロステリック効果) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グリコーゲンホスホリラーゼ / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Kristiansen, M. / Andersen, B. / Iversen, L.F. / Westergaard, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2004 タイトル: Identification, synthesis and chracterization of new glycogen phosphorylase inhibitors binding to the allosteric AMP site 著者: Kristiansen, M. / Andersen, B. / Iversen, L.F. / Westergaard, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1z6p.cif.gz | 174.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1z6p.ent.gz | 143.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1z6p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/1z6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/1z6p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97519.320 Da / 分子数: 1 / 断片: Glycogen Phosphorylase / 由来タイプ: 天然 / 詳細: gene PYGM / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: muscle骨格筋 参照: UniProt: P00489, グリコーゲンホスホリラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-194 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: BES, EDTA. DTT, SPERMINE, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月2日 |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 36575 / Num. obs: 36575 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / % possible all: 48 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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