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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yvn | ||||||
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タイトル | THE YEAST ACTIN VAL 159 ASN MUTANT COMPLEX WITH HUMAN GELSOLIN SEGMENT 1. | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / YEAST (酵母) / ACTIN (アクチン) / MUTANT V159N / GELSOLIN / ACTIN-BINDING / MG-ATP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitotic actomyosin contractile ring contraction / RHOA GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / ascospore wall assembly / vacuole inheritance / striated muscle atrophy / regulation of establishment of T cell polarity ...mitotic actomyosin contractile ring contraction / RHOA GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / ascospore wall assembly / vacuole inheritance / striated muscle atrophy / regulation of establishment of T cell polarity / regulation of plasma membrane raft polarization / regulation of receptor clustering / renal protein absorption / positive regulation of keratinocyte apoptotic process / positive regulation of protein processing in phagocytic vesicle / positive regulation of actin nucleation / phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit binding / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / actin cap / actin cortical patch / Swr1 complex / sequestering of actin monomers / regulation of podosome assembly / 筋形質 / Platelet degranulation / myosin II binding / : / negative regulation of viral entry into host cell / actin filament severing / Ino80 complex / barbed-end actin filament capping / actin filament capping / actin filament depolymerization / actin polymerization or depolymerization / cell projection assembly / cardiac muscle cell contraction / podosome / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / NuA4 histone acetyltransferase complex / relaxation of cardiac muscle / phagocytosis, engulfment / cortical actin cytoskeleton / establishment of cell polarity / hepatocyte apoptotic process / actin filament bundle / cilium assembly / protein secretion / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / phagocytic vesicle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / response to muscle stretch / actin filament polymerization / central nervous system development / actin filament organization / マイクロフィラメント / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein destabilization / structural constituent of cytoskeleton / cellular response to type II interferon / エンドサイトーシス / actin filament binding / マイクロフィラメント / lamellipodium / actin binding / blood microparticle / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / amyloid fibril formation / hydrolase activity / クロマチンリモデリング / Amyloid fiber formation / DNA修復 / focal adhesion / DNA-templated transcription / クロマチン / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / 細胞核 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Vorobiev, S.M. / Belmont, L.D. / Drubin, D.G. / Almo, S.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of yeast actin V159N mutant 著者: Vorobiev, S.M. / Belmont, L.D. / Drubin, D.D. / Almos, C. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999 タイトル: A change in actin conformation associated with filament instability after Pi release. 著者: Belmont, L.D. / Orlova, A. / Drubin, D.G. / Egelman, E.H. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1993 タイトル: Structure of gelsolin segment 1-actin complex and the mechanism of filament severing. 著者: McLaughlin, P.J. / Gooch, J.T. / Mannherz, H.G. / Weeds, A.G. #3: ジャーナル: Nature / 年: 1990 タイトル: Atomic structure of the actin:DNase I complex. 著者: Kabsch, W. / Mannherz, H.G. / Suck, D. / Pai, E.F. / Holmes, K.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yvn.cif.gz | 119.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1yvn.ent.gz | 89.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yvn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/1yvn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/1yvn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1yagS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AG
#1: タンパク質 | 分子量: 41750.520 Da / 分子数: 1 / 変異: V159N / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THE GENE NAME IS ACT. / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ACT1-159 / 参照: UniProt: P60010 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 14071.831 Da / 分子数: 1 / Fragment: FRAGMENT 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CA(2+)-BOUND PROTEIN / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PMW172 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06396 |
-非ポリマー , 5種, 287分子
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#6: 化合物 | ChemComp-CA / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.55 % |
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: 0.1 M HEPES, 1.60 M (NH4)2SO4, 2 MM MG-ATP, PH=8.0. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.0702 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0702 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→25 Å / Num. obs: 33130 / % possible obs: 86.8 % / 冗長度: 2.95 % / Rmerge(I) obs: 0.057 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1YAG 解像度: 2.1→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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