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万見
- PDB-1ym7: G Protein-Coupled Receptor Kinase 2 (GRK2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ym7
タイトルG Protein-Coupled Receptor Kinase 2 (GRK2)
要素Beta-adrenergic receptor kinase 1G protein-coupled receptor kinase 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / G protein (Gタンパク質) / kinase (キナーゼ) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / GRK2 / Beta-ARK1
機能・相同性
機能・相同性情報


Calmodulin induced events / beta-adrenergic-receptor kinase / negative regulation of the force of heart contraction by chemical signal / negative regulation of relaxation of smooth muscle / Activation of SMO / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / tachykinin receptor signaling pathway ...Calmodulin induced events / beta-adrenergic-receptor kinase / negative regulation of the force of heart contraction by chemical signal / negative regulation of relaxation of smooth muscle / Activation of SMO / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / tachykinin receptor signaling pathway / negative regulation of striated muscle contraction / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of protein localization to cilium / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / regulation of the force of heart contraction / positive regulation of smoothened signaling pathway / G protein-coupled receptor internalization / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / regulation of signal transduction / cardiac muscle contraction / viral genome replication / cell projection / G protein-coupled receptor binding / intracellular protein transport / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / presynapse / heart development / postsynapse / peptidyl-serine phosphorylation / protein kinase activity / symbiont entry into host cell / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein phosphorylation / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
GPCR kinase / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. ...GPCR kinase / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-adrenergic receptor kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Lodowski, D.T. / Barnhill, J.F. / Pyskadlo, R.M. / Ghirlando, R. / Sterne-Marr, R. / Tesmer, J.J.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: The role of Gbetagamma and domain interfaces in the activation of G protein-coupled receptor kinase 2
著者: Lodowski, D.T. / Barnhill, J.F. / Pyskadlo, R.M. / Ghirlando, R. / Sterne-Marr, R. / Tesmer, J.J.G.
履歴
登録2005年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-adrenergic receptor kinase 1
B: Beta-adrenergic receptor kinase 1
C: Beta-adrenergic receptor kinase 1
D: Beta-adrenergic receptor kinase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)319,0004
ポリマ－319,0004
非ポリマー00
水0
1
A: Beta-adrenergic receptor kinase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7501
ポリマ－79,7501
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-adrenergic receptor kinase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7501
ポリマ－79,7501
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-adrenergic receptor kinase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7501
ポリマ－79,7501
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-adrenergic receptor kinase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7501
ポリマ－79,7501
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.162, 82.156, 218.795
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.57, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C
42D
13A
23B
33C
43D
14A
24B
34C
44D
15A
25B
16A
26B
36C
46D

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERILEILEAA29 - 18429 - 184
221SERSERILEILEBB29 - 18429 - 184
331SERSERILEILECC29 - 18429 - 184
441SERSERILEILEDD29 - 18429 - 184
152HISHISGLYGLYAA185 - 475185 - 475
262HISHISGLYGLYBB185 - 475185 - 475
372HISHISGLYGLYCC185 - 475185 - 475
482HISHISGLYGLYDD185 - 475185 - 475
193LYSLYSTHRTHRAA494 - 512494 - 512
2103LYSLYSTHRTHRBB494 - 512494 - 512
3113LYSLYSTHRTHRCC494 - 512494 - 512
4123LYSLYSTHRTHRDD494 - 512494 - 512
1134ILEILEGLUGLUAA513 - 537513 - 537
2144ILEILEGLUGLUBB513 - 537513 - 537
3154ILEILEGLUGLUCC513 - 537513 - 537
4164ILEILEGLUGLUDD513 - 537513 - 537
1175ALAALALEULEUAA538 - 555538 - 555
2185ALAALALEULEUBB538 - 555538 - 555
1196GLYGLYGLNGLNAA556 - 656556 - 656
2206GLYGLYGLNGLNBB556 - 656556 - 656
3216GLYGLYGLNGLNCC556 - 656556 - 656
4226GLYGLYGLNGLNDD556 - 656556 - 656

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Beta-adrenergic receptor kinase 1 / G protein-coupled receptor kinase 2 / Beta-ARK-1 / G- protein coupled receptor kinase 2


分子量: 79749.922 Da / 分子数: 4 / 変異: S670A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ADRBK1, GRK2 / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P21146, EC: 2.7.1.126

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: HEPES, phosphoserine, sodium Chloride, Glycerol, PEG 8000, Urea, Dithiothreitol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月25日
放射モノクロメーター: 100 micron collimator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→20 Å / Num. all: 24354 / Num. obs: 24246 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.42 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 4.5→4.66 Å / 冗長度: 3.35 % / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / Num. unique all: 2406 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OMW

1omw


解像度: 4.5→14.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 218.079 / SU ML: 1.132 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS WERE ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS REFINEMENT UTILIZED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27868 1197 5 %RANDOM
Rwork0.22358 ---
all0.22638 22730 --
obs0.22638 22700 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.45 Å20 Å21.9 Å2
2---2.33 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.5→14.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19846 0 0 0 19846
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02220365
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8811.96727358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.32952419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.20823.731008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.176153879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.85415152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.22882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215328
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2940.28477
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3290.212726
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.210.2763
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.360.246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it01.512643
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0219491
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it038993
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it04.57867
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1316tight positional0.080.05
12B1316tight positional0.070.05
13C1316tight positional0.080.05
14D1316tight positional0.060.05
21A2321tight positional0.060.05
22B2321tight positional0.070.05
23C2321tight positional0.070.05
24D2321tight positional0.060.05
31A158tight positional0.060.05
32B158tight positional0.060.05
33C158tight positional0.060.05
34D158tight positional0.060.05
41A209tight positional0.070.05
42B209tight positional0.060.05
43C209tight positional0.060.05
44D209tight positional0.060.05
51A149tight positional0.070.05
61A822tight positional0.060.05
62B822tight positional0.050.05
63C822tight positional0.050.05
64D822tight positional0.050.05
11A1316tight thermal00.5
12B1316tight thermal00.5
13C1316tight thermal00.5
14D1316tight thermal00.5
21A2321tight thermal00.5
22B2321tight thermal00.5
23C2321tight thermal00.5
24D2321tight thermal00.5
31A158tight thermal00.5
32B158tight thermal00.5
33C158tight thermal00.5
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43C209tight thermal00.5
44D209tight thermal00.5
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63C822tight thermal00.5
64D822tight thermal00.5
LS精密化 シェル解像度: 4.5→4.606 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.481 70 -
Rwork0.423 1580 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.1018-1.84880.11248.61582.18865.5113-0.25620.1963-0.87060.19360.36080.74180.4945-0.5679-0.1046-0.6921-0.1406-0.5256-0.275-0.1457-0.621783.003-48.02815.527
26.2796-3.1751-1.29459.67810.11386.4703-0.18290.6361.05910.08610.5639-0.1503-0.78260.1669-0.381-1.13420.0653-0.0755-0.65520.2137-0.788731.48216.06615.28
34.7244-1.3973-1.90377.12875.103915.7825-0.4504-0.069-0.23550.4753-0.6787-0.81931.52160.37541.1291-1.11850.0283-0.3167-0.1370.1235-0.5216146.46-73.44476.593
45.54630.54670.09953.9838-3.43987.94260.13051.05740.55-1.4078-0.31980.5988-0.4385-0.39730.18930.3910.12170.2234-0.1758-0.04320.5086-43.42127.55463.683
56.9346-5.81275.0738.3575-4.31346.8616-0.2029-0.37670.07570.36140.2289-0.4877-0.90370.692-0.0261-0.61660.2581-0.5017-0.4556-0.1605-0.699595.036-26.47640.85
611.4313-2.2184-6.63245.39281.46577.66440.2932-0.52530.17490.1658-0.1331.16251.0466-0.3773-0.1603-0.7490.04930.3005-0.89410.1382-0.407218.356-7.61439.092
72.1379-1.20615.49513.3642-1.005615.7591-0.1645-0.11230.51620.2159-0.12020.5037-0.7747-0.81150.2847-0.9010.0609-0.63260.2284-0.1982-0.3213122.606-46.21179.391
87.0425-2.8065-7.86843.80721.75939.4956-0.0205-0.72670.23480.5410.3274-1.0095-0.04390.6048-0.3069-0.7867-0.10610.5008-0.113-0.22890.6977-17.6765.48873.415
910.02971.9493-0.86738.63062.08789.11030.25530.25841.94450.0192-0.31130.8581-2.37070.04810.0560.15640.671-0.4052-0.38880.14860.396468.889-2.48633.925
1010.50912.95483.87256.39153.59693.79620.8580.1825-2.51150.5056-0.3952-1.23362.04430.239-0.46290.31210.9789-0.018-0.30270.27470.523346.644-29.29333.209
1113.58111.0967-2.34186.2166-2.9198.24330.1087-1.50281.17180.91440.47540.6271-1.1859-0.0304-0.58410.23840.0026-0.63820.1827-0.4738-0.3455136.503-38.587111.95
126.89921.192-1.99050.4434-0.53055.37820.4061-1.3891-0.74391.5941-0.181-0.30910.7576-0.1101-0.22510.7830.01350.49530.57410.30420.8032-36.702-6.431101.792
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA185 - 513185 - 513
2X-RAY DIFFRACTION2BB185 - 513185 - 513
3X-RAY DIFFRACTION3CC185 - 513185 - 513
4X-RAY DIFFRACTION4DD185 - 513185 - 513
5X-RAY DIFFRACTION5AA29 - 18429 - 184
6X-RAY DIFFRACTION5AA514 - 538514 - 538
7X-RAY DIFFRACTION6BB29 - 18429 - 184
8X-RAY DIFFRACTION6BB514 - 538514 - 538
9X-RAY DIFFRACTION7CC29 - 18429 - 184
10X-RAY DIFFRACTION7CC514 - 538514 - 538
11X-RAY DIFFRACTION8DD29 - 18429 - 184
12X-RAY DIFFRACTION8DD514 - 538514 - 538
13X-RAY DIFFRACTION9AA539 - 656539 - 656
14X-RAY DIFFRACTION10BB539 - 656539 - 656
15X-RAY DIFFRACTION11CC539 - 656539 - 656
16X-RAY DIFFRACTION12DD539 - 656539 - 656

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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