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- PDB-1ye3: HORSE LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE APOENZYME -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ye3
タイトルHORSE LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE APOENZYME
要素Alcohol dehydrogenase E chain
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / DEHYDROGENASE (脱水素酵素) / ALCOHOL / LIVER (肝臓) / APOENZYME (酵素) / METHYLPENTANEDIOL
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / アルコールデヒドロゲナーゼ / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / zinc ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alcohol dehydrogenase E chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Plapp, B.V. / Savarimuthu, B.R. / Ramaswamy, S.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Horse Liver Alcohol Dehydrogenase Apoenzyme
著者: Plapp, B.V. / Savarimuthu, B.R. / Ramaswamy, S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976
タイトル: Three-Dimensional Structure of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.4 Angstroms Resolution
著者: Eklund, H. / Nordstrom, B. / Zeppezauer, E. / Soderlund, G. / Ohlsson, I. / Boiwe, T. / Soderberg, B.-O. / Tapia, O. / Branden, C.-I. / Akeson, A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981
タイトル: Structure of a Triclinic Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.9 Angstroms Resolution
著者: Eklund, H. / Samama, J.-P. / Wallen, L. / Branden, C.-I. / Akeson, A. / A Jones, T.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Substitutions in the Flexible Loop of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase Hinder the Conformational Change and Unmask Hydrogen Transfer
著者: Ramaswamy, S. / Park, D.H. / Plapp, B.V.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Contributions of Valine-292 in the Nicotinamide Binding Site of Liver Alcohol Dehydrogenase and Dynamics to Catalysis
著者: Rubach, J.K. / Ramaswamy, S. / Plapp, B.V.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982
タイトル: Binding of Substrate in a Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Eklund, H. / Plapp, B.V. / Samama, J.-P. / Branden, C.-I.
#6: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Structures of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase Complexed with Nad+ and Substituted Benzyl Alcohols
著者: Ramaswamy, S. / Eklund, H. / Plapp, B.V.
#7: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Mobility of Fluorobenzyl Alcohols Bound to Liver Alcohol Dehydrogenases as Determined by NMR and X-Ray Crystallographic Studies
著者: Rubach, J.K. / Plapp, B.V.
#8: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Amino Acid Residues in the Nicotinamide Binding Site Contribute to Catalysis by Horse Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Rubach, J.K. / Plapp, B.V.
#9: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1984
タイトル: Crystallographic Investigations of Nicotinamide Adenine Dinucleotide Binding to Horse Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Eklund, H. / Samama, J.-P. / Jones, T.A.
#10: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1982
タイトル: Crystal Structure Determinations of Coenzyme Analogue and Substrate Complexes of Liver Alcohol Dehydrogenase. Binding of 1,4,5,6-Tetrahydronicotinamide Adenine Dinucleotide and Trans-4- ...タイトル: Crystal Structure Determinations of Coenzyme Analogue and Substrate Complexes of Liver Alcohol Dehydrogenase. Binding of 1,4,5,6-Tetrahydronicotinamide Adenine Dinucleotide and Trans-4-(N,N-Dimethylamino)Cinnamaldehyde to the Enzyme
著者: Cedergren-Zeppezauer, E. / Samama, J.-P. / Eklund, H.
履歴
登録2004年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase E chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1024
ポリマ－39,8531
非ポリマー2493
水3,603200
1
A: Alcohol dehydrogenase E chain
ヘテロ分子

A: Alcohol dehydrogenase E chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,2058
ポリマ－79,7072
非ポリマー4986
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area4350 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area27940 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)55.780, 74.290, 181.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase E chain


分子量: 39853.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: liver / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ)
参照: UniProt: P00327, アルコールデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.79 %
結晶化温度: 278 K / 手法: microdialysis / pH: 8.4
詳細: 50 mM Tris-HCl, 25% methylpentanediol, pH 8.4, MICRODIALYSIS, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→20.2 Å / Num. obs: 36732 / % possible obs: 71.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.66 % / Biso Wilson estimate: 25.468 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.59→1.65 Å / 冗長度: 5.74 % / Rmerge(I) obs: 0.211 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 2918 / % possible all: 58

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8ADH

8adh


解像度: 1.59→20.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 3.926 / SU ML: 0.069 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Positions for residues A269-A270 were not well-defined by the electron density. Several residues, including A306, have alternative conformations, but these were not modeled.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25593 1143 3.1 %RANDOM
Rwork0.19946 ---
all0.2011 ---
obs0.2011 35539 71.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20 Å20 Å2
2--1.46 Å20 Å2
3----2.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→20.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2785 0 10 200 2995
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.9793846
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9085373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.30424.3397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.37915498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0411512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022072
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21284
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21971
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0110.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1530.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.10.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4931.51895
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.21822996
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.24931043
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5324.5850
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.67132931
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free17.85852
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.26752785
LS精密化 シェル解像度: 1.59→1.631 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 71 -
Rwork0.172 2002 -
obs--56.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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