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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y77 | ||||||
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タイトル | Complete RNA Polymerase II elongation complex with substrate analogue GMPCPP | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSFERASE/DNA-RNA HYBRID / substrate / NTP / elongation / TRANSFERASE-DNA-RNA HYBRID COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RPB4-RPB7 complex / : / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / : / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE ...RPB4-RPB7 complex / : / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / : / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / termination of RNA polymerase II transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / tRNA transcription by RNA polymerase III / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II activity / transcription-coupled nucleotide-excision repair / DNA修復 / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / translation initiation factor binding / P-body / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / ペルオキシソーム / cytoplasmic stress granule / single-stranded DNA binding / リボソーム生合成 / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / mRNA binding / 核小体 / ミトコンドリア / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å | ||||||
データ登録者 | Kettenberger, H. / Armache, K.-J. / Cramer, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004 タイトル: Complete RNA Polymerase II Elongation Complex Structure and Its Interactions with NTP and TFIIS 著者: Kettenberger, H. / Armache, K.-J. / Cramer, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1y77.cif.gz | 831.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1y77.ent.gz | 649.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1y77.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/1y77 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/1y77 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 TN
#1: DNA鎖 | 分子量: 5811.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligonucleotide |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 2121.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligonucleotide |
-DNA-directed RNA polymerase II ... , 7種, 7分子 ABCDGIK
#4: タンパク質 | 分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04050, ポリメラーゼ |
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#5: タンパク質 | 分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P08518, ポリメラーゼ |
#6: タンパク質 | 分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P16370, ポリメラーゼ |
#7: タンパク質 | 分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20433, ポリメラーゼ |
#10: タンパク質 | 分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P34087, ポリメラーゼ |
#12: タンパク質 | 分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P27999, ポリメラーゼ |
#14: タンパク質 | 分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38902, ポリメラーゼ |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III ... , 4種, 4分子 EFHL
#8: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20434, ポリメラーゼ |
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#9: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20435, ポリメラーゼ |
#11: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20436, ポリメラーゼ |
#15: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40422, ポリメラーゼ |
-RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 PJ
#13: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22139, ポリメラーゼ |
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#3: RNA鎖 | 分子量: 3223.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligonucleotide |
-非ポリマー , 3種, 10分子
#16: 化合物 | ChemComp-ZN / #17: 化合物 | ChemComp-MG / | #18: 化合物 | ChemComp-G2P / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.16 % |
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-データ収集
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1Y1W 解像度: 4.5→50 Å / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The peptide bond distance between ASN A 119 and GLU A 120 is slightly long. Because the deposited model was derived by rigid-body minimisation from a similar model.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.5→50 Å
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