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- PDB-1wa1: Crystal Structure Of H313Q Mutant Of Alcaligenes Xylosoxidans Nit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wa1
タイトルCrystal Structure Of H313Q Mutant Of Alcaligenes Xylosoxidans Nitrite Reductase
要素DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
キーワードREDUCTASE (還元酵素) / NITRITE REDUCTASE (銅含有亜硝酸還元酵素) / H313Q MUTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


denitrification pathway / 亜硝酸レダクターゼ (NO形成) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / ペリプラズム / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種ALCALIGENES XYLOSOXIDANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Barrett, M.L. / Harris, R.L. / Antonyuk, S.V. / Strange, R.W. / Hough, M.A. / Eady, R.R. / Sawers, G. / Hasnain, S.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Insights Into Redox Partner Interactions and Substrate Binding in Nitrite Reductase from Alcaligenes Xylosoxidans: Crystal Structures of the Trp138His and His313Gln Mutants
著者: Barrett, M.L. / Harris, R.L. / Antonyuk, S.V. / Hough, M.A. / Ellis, M.J. / Sawers, G. / Eady, R.R. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2004年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0446
ポリマ－36,5611
非ポリマー4845
水6,341352
1
X: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子

X: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子

X: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,13318
ポリマ－109,6823
非ポリマー1,45115
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)90.156, 90.156, 143.677
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-2037-

HOH

21X-2052-

HOH

31X-2053-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 X

#1: タンパク質 DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE / NITRITE REDUCTASE / NIR


分子量: 36560.512 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ALCALIGENES XYLOSOXIDANS (バクテリア)
Variant: XYLOSOXIDANS / プラスミド: PENIRSP-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O68601

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非ポリマー , 5種, 357分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION IN CHAIN X, HIS 337 TO GLN. (THIS RESIDUE IS NUMBERED 313 IN THE COORDINATES BELOW).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: CRYSTALS OF HIS313GLN NIR WERE GROWN BY THE HANGING-DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD AT 21OC. 2ML OF 6-8 MG ML-1 PROTEIN IN 10 MM TRIS-HCL PH 7.1 WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR ...詳細: CRYSTALS OF HIS313GLN NIR WERE GROWN BY THE HANGING-DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD AT 21OC. 2ML OF 6-8 MG ML-1 PROTEIN IN 10 MM TRIS-HCL PH 7.1 WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 25% PEG-MME 550, 10 MM ZINC SULPHATE, 0.1M MES PH 6.5 AND SUSPENDED OVER A 500 ML RESERVOIR. CRYSTALS OF BOTH MUTANTS WERE AN INTENSE BLUE COLOUR AND GREW WITHIN TWO DAYS TO APPROXIMATE DIMENSIONS 0.9 X 0.6 X 0.1 MM IN A RHOMBOHEDRAL MORPHOLOGY.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.48
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.48 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. obs: 51930 / % possible obs: 98.5 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: WWPDB ENTRY 1OE1

1oe1


解像度: 1.65→69.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / SU B: 1.425 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.191 2652 5.1 %
Rwork0.166 --
obs0.165 51900 99 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20.45 Å20 Å2
2--0.91 Å20 Å2
3----1.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→69.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2540 0 20 352 2912
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0212647
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022359
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5351.953615
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91835505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0635338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022970
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.02505
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2427
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2480.22672
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21484
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1590.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3270.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7681.51669
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32822696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0543978
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3074.5917
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.343 179
Rwork0.314 3699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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