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万見
- PDB-1uoy: The bubble protein from Penicillium brevicompactum Dierckx exudate. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uoy
タイトルThe bubble protein from Penicillium brevicompactum Dierckx exudate.
要素BUBBLE PROTEIN
キーワードEXUDATE PROTEIN / SULFUR PHASING / POTENTIAL KILLER TOXIN
機能・相同性Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 - #50 / Bubble protein / Bubble superfamily / Bubble protein / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Roll / extracellular region / Mainly Beta / Bubble protein
機能・相同性情報
生物種PENICILLIUM BREVICOMPACTUM (菌類)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Olsen, J.G. / Flensburg, C. / Olsen, O. / Seibold, M. / Bricogne, G. / Henriksen, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Solving the Structure of the Bubble Protein Using the Anomalous Sulfur Signal from Single-Crystal in-House Cu Kalpha Diffraction Data Only
著者: Olsen, J.G. / Flensburg, C. / Olsen, O. / Bricogne, G. / Henriksen, A.
履歴
登録2003年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月12日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BUBBLE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5791
ポリマ－6,5791
非ポリマー00
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)43.615, 58.436, 53.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 BUBBLE PROTEIN


分子量: 6579.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PENICILLIUM BREVICOMPACTUM (菌類) / Variant: DIERCKX / 参照: UniProt: P83799*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE YET TO BE DEPOSITED IN PUBLIC DATABASE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
解説: PHASING USING THE ANOMALOUS SIGNAL FROM 8 CYSTEINE SULFURS (4 DISULFIDE BRIDGES). THE IMAGE PLATE MODEL USED WAS RAXIS IV++
結晶化温度: 277 K / pH: 5
詳細: 16 MG/ML PROTEIN IN 30 MM NA-ACETATE BUFFER, PH 5.0 AT 4 DEG.
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
114 mg/mlprotein1drop
217 %(w/v)PEG60001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年1月15日 / 詳細: MAX-FLUX OPTICAL SYSTEM
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→15.2 Å / Num. obs: 11250 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 15 Å / 冗長度: 13.5 % / Num. measured all: 151997 / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Mean I/σ(I) obs: 3.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→15.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 834780.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.185 908 8.1 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.164 11234 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.1916 Å2 / ksol: 0.340968 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 14.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å20 Å20 Å2
2--0.68 Å20 Å2
3---0.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.15 Å0.12 Å
Luzzati d res low-5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→15.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数452 0 0 129 581
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.33
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.381.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.632.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 134 7.3 %
Rwork0.164 1707 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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