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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tph | ||||||
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タイトル | 1.8 ANGSTROMS CRYSTAL STRUCTURE OF WILD TYPE CHICKEN TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE-PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMATE COMPLEX | ||||||
要素 | TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASEトリオースリン酸イソメラーゼ | ||||||
キーワード | TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE (トリオースリン酸イソメラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 解糖系 / 解糖系 / 糖新生 / 糖新生 / methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / トリオースリン酸イソメラーゼ ...解糖系 / 解糖系 / 糖新生 / 糖新生 / methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / トリオースリン酸イソメラーゼ / triose-phosphate isomerase activity / canonical glycolysis / 糖新生 / glycolytic process / ubiquitin protein ligase binding / protein homodimerization activity / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Z. / Sugio, S. / Komives, E.A. / Liu, K.D. / Knowles, J.R. / Petsko, G.A. / Ringe, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Crystal structure of recombinant chicken triosephosphate isomerase-phosphoglycolohydroxamate complex at 1.8-A resolution. 著者: Zhang, Z. / Sugio, S. / Komives, E.A. / Liu, K.D. / Knowles, J.R. / Petsko, G.A. / Ringe, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tph.cif.gz | 106.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tph.ent.gz | 82 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tph.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/1tph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/1tph | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26540.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) 参照: UniProt: P00940, トリオースリン酸イソメラーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 13 Å / Num. all: 52935 / Num. obs: 50153 / % possible obs: 95 % |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.8→6 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |