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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sps | ||||||
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タイトル | BINDING OF A HIGH AFFINITY PHOSPHOTYROSYL PEPTIDE TO THE SRC SH2 DOMAIN: CRYSTAL STRUCTURES OF THE COMPLEXED AND PEPTIDE-FREE FORMS | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE(PHOSPHOTRANSFERASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell membrane / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / リン酸化 / ATP binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rous sarcoma virus (ラウス肉腫ウイルス) Hamster polyomavirus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Waksman, G. / Kuriyan, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1993 タイトル: Binding of a high affinity phosphotyrosyl peptide to the Src SH2 domain: crystal structures of the complexed and peptide-free forms. 著者: Waksman, G. / Shoelson, S.E. / Pant, N. / Cowburn, D. / Kuriyan, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sps.cif.gz | 89.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sps.ent.gz | 74.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sps.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/1sps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/1sps | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: ILE D 7 - PRO D 8 OMEGA =210.98 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11970.480 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rous sarcoma virus (ラウス肉腫ウイルス) 属: Alpharetrovirusアルファレトロウイルス属 / 参照: UniProt: P00524 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1473.515 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hamster polyomavirus (ウイルス) / 属: Polyomavirusポリオーマウイルス科 / 参照: UniProt: P03079 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: その他 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 11714 / % possible obs: 89.1 % / Num. measured all: 19885 / Rmerge(I) obs: 0.067 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.18 / Rfactor obs: 0.18 / 最高解像度: 2.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 11420 / σ(I): 2 / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.2 |