+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rp5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PBP2x from Streptococcus pneumoniae strain 5259 with reduced susceptibility to beta-lactam antibiotics | ||||||
要素 | penicillin-binding protein 2x | ||||||
キーワード | TRANSPEPTIDASE / PENICILLIN-BINDING PROTEIN (ペニシリン結合タンパク質) / ANTIBIOTIC RESISTANCE (抗微生物薬耐性) / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS (ペプチドグリカン) / CELL WALL (細胞壁) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / 細胞周期 / 細胞分裂 / response to antibiotic / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Pernot, L. / Chesnel, L. / Legouellec, A. / Croize, J. / Vernet, T. / Dideberg, O. / Dessen, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: A PBP2x from a clinical isolate of Streptococcus pneumoniae exhibits an alternative mechanism for reduction of susceptibility to beta-lactam antibiotics. 著者: Pernot, L. / Chesnel, L. / Le Gouellec, A. / Croize, J. / Vernet, T. / Dideberg, O. / Dessen, A. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: The Structural Modifications Induced by the M339F Substitution in PBP2x from Streptococcus pneumoniae Further Decreases the Susceptibility to Beta-Lactams of Resistant Strains 著者: Chesnel, L. / Pernot, L. / Lemaire, D. / Champelovier, D. / Croize, J. / Dideberg, O. / Vernet, T. / Zapun, A. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of pbp2x from a highly penicillin-resistant streptococcus pneumoniae clinical isolate 著者: Dessen, A. / Mouz, N. / Gordon, E. / Hopkins, J. / Dideberg, O. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: The crystal structure of the penicillin-binding protein 2x from Streptococcus pneumoniae and its acyl-enzyme form: implication in drug resistance 著者: Gordon, E. / Mouz, N. / Duee, E. / Dideberg, O. #4: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: X-ray structure of Streptococcus pneumoniae PBP2x, a primary penicillin target enzyme 著者: Pares, S. / Mouz, N. / Petillot, Y. / Hakenbeck, R. / Dideberg, O. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rp5.cif.gz | 263.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1rp5.ent.gz | 211.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rp5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/1rp5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/1rp5 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1qmeS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 76906.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: 5259 / 遺伝子: PBP2X / プラスミド: PGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 参照: UniProt: P14677, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.3 詳細: PEG 1500, SODIUM ACETATE, AMMONIUM SULFATE, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 8 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97936 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97936 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→42 Å / Num. obs: 57788 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.4 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 29.7 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.426 / % possible all: 77.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 657234 / Rmerge(I) obs: 0.092 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 77.2 % / Rmerge(I) obs: 0.426 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1QME 解像度: 3→42 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→42 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
| |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 42 Å | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|