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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rkd | |||||||||
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タイトル | E. COLI RIBOKINASE COMPLEXED WITH RIBOSE AND ADP | |||||||||
要素 | RIBOKINASEリボキナーゼ | |||||||||
キーワード | CARBOHYDRATE KINASE / RIBOSE (リボース) / NUCLEOTIDE BINDING (ヌクレオチド) / TRANSFERASE (転移酵素) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 リボキナーゼ / ribokinase activity / D-ribose catabolic process / protein homodimerization activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.84 Å | |||||||||
データ登録者 | Sigrell, J.A. / Cameron, A.D. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: Structure of Escherichia coli ribokinase in complex with ribose and dinucleotide determined to 1.8 A resolution: insights into a new family of kinase structures. 著者: Sigrell, J.A. / Cameron, A.D. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997 タイトル: Purification, Characterization, and Crystallization of Escherichia Coli Ribokinase 著者: Sigrell, J.A. / Cameron, A.D. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986 タイトル: Ribokinase from Escherichia Coli K12. Nucleotide Sequence and Overexpression of the Rbsk Gene and Purification of Ribokinase 著者: Hope, J.N. / Bell, A.W. / Hermodson, M.A. / Groarke, J.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rkd.cif.gz | 74.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rkd.ent.gz | 55.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rkd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/1rkd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/1rkd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32320.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 解説: THE RBSK GENE WAS CLONED BEHIND A TRP-PROMOTER, FORMING THE PLASMID PJGK10 細胞株: S2 / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 遺伝子: RBSK / プラスミド: PJGK10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MRI240 / 参照: UniProt: P0A9J6, リボキナーゼ | ||||
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#2: 糖 | ChemComp-RIB / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ADP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.4 詳細: CRYSTALS WERE GROWN IN THE PRESENCE OF 0.5 MM RIBOSE, 10 MM AMP-PNP AND 10 MM MGCL2 USING 2.1-2.4 M NH4H2PO4 AS PRECIPITANT AND BUFFERED TO PH 8.4 WITH 0.1 M TRIS-HCL. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sigrell, J.A., (1997) Protein Sci., 6, 2474. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8893 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8893 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→30 Å / Num. obs: 35015 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 30.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.87 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / % possible all: 97.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 279852 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.84→28 Å / 交差検証法: THROUGHOUT 詳細: THE BULK SOLVENT CORRECTION WAS CALCULATED IN X-PLOR. AMP-PNP WAS INCLUDED IN THE CRYSTALLIZATION MIXTURE, BUT THE GAMMA-PHOSPHATE COULD NOT BE DETECTED. THE AUTHORS THEREFORE TREAT ...詳細: THE BULK SOLVENT CORRECTION WAS CALCULATED IN X-PLOR. AMP-PNP WAS INCLUDED IN THE CRYSTALLIZATION MIXTURE, BUT THE GAMMA-PHOSPHATE COULD NOT BE DETECTED. THE AUTHORS THEREFORE TREAT HYDROLYSED ATP-ANALOGUE AS ADP IN THE MODEL.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→28 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |