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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rka | ||||||
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タイトル | THE APO FORM OF E. COLI RIBOKINASE | ||||||
要素 | PROTEIN (RIBOKINASE) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / CARBOHYDRATE KINASE / RIBOSE (リボース) / NUCLEOTIDE BINDING (ヌクレオチド) / INDUCED FIT (酵素反応) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 リボキナーゼ / ribokinase activity / D-ribose catabolic process / protein homodimerization activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Sigrell, J.A. / Cameron, A.D. / Mowbray, S.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Induced fit on sugar binding activates ribokinase. 著者: Sigrell, J.A. / Cameron, A.D. / Mowbray, S.L. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: Structure of Escherichia coli ribokinase in complex with ribose and dinucleotide determined to 1.8 A resolution: insights into a new family of kinase structures. 著者: Sigrell, J.A. / Cameron, A.D. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997 タイトル: Purification, characterization, and crystallization of Escherichia coli ribokinase. 著者: Sigrell, J.A. / Cameron, A.D. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986 タイトル: Ribokinase from Escherichia coli K12. Nucleotide sequence and overexpression of the rbsK gene and purification of ribokinase. 著者: Hope, J.N. / Bell, A.W. / Hermodson, M.A. / Groarke, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rka.cif.gz | 71.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rka.ent.gz | 52.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rka.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/1rka ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/1rka | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32320.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRI240 解説: THE RBSK GENE WAS CLONED BEHIND AURCE 11 TRP-PROMOTER, FORMING THE PLASMID PJGK10 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 遺伝子: RBSK / プラスミド: PJGK10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MRI240 / 参照: UniProt: P0A9J6, リボキナーゼ |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.8 詳細: CRYSTALS WERE GROWN IN 22-33% PEG 2000, MONO-METHYLETHER AS PRECIPITANT AND BUFFERED TO PH 4.8 WITH 0.1 M NA ACETATE. CRYO-PROTECTANT: MOTHER LIQUID ALSO CONTAINING 15% ETHYLENEGLYCOL. SOAK-TIME: 2-3 MINUTES. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.996 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.996 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→15 Å / Num. obs: 12644 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 20.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / % possible all: 87.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 62741 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1RKD: RESIDUES 4-9, 44-93, 123-241 AND 254-309. 解像度: 2.3→15 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF USING AMPLITUDES
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: EXPONENTIAL SCALING / Bsol: 45.9 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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