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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qw4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Murine Inducible Nitric Oxide Synthase Oxygenase Domain in complex with N-omega-propyl-L-arginine. | ||||||
要素 | Nitric oxide synthase, inducible一酸化窒素合成酵素 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / iNOSoxy inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / prostaglandin secretion / positive regulation of killing of cells of another organism / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cortical cytoskeleton ...Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / prostaglandin secretion / positive regulation of killing of cells of another organism / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cortical cytoskeleton / superoxide metabolic process / cGMP-mediated signaling / nitric-oxide synthase binding / cellular response to cytokine stimulus / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / regulation of insulin secretion / cellular response to organic cyclic compound / nitric-oxide synthase (NADPH) / blood vessel remodeling / response to tumor necrosis factor / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / response to hormone / positive regulation of interleukin-8 production / response to bacterium / Hsp90 protein binding / negative regulation of protein catabolic process / beta-catenin binding / 血圧 / cellular response to type II interferon / ペルオキシソーム / positive regulation of interleukin-6 production / 概日リズム / cellular response to xenobiotic stimulus / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / actin binding / regulation of cell population proliferation / cellular response to lipopolysaccharide / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / calmodulin binding / intracellular signal transduction / defense response to bacterium / cadherin binding / 炎症 / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of gene expression / heme binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Fedorov, R. / Hartmann, E. / Ghosh, D.K. / Schlichting, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Structural basis for the specificity of the nitric-oxide synthase inhibitors W1400 and Nomega-propyl-L-Arg for the inducible and neuronal isoforms. 著者: Fedorov, R. / Hartmann, E. / Ghosh, D.K. / Schlichting, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qw4.cif.gz | 193.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qw4.ent.gz | 154.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qw4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/1qw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/1qw4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 48498.168 Da / 分子数: 2 断片: inducible nitric oxide synthase oxygenase domain (residues 77-495) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: NOS2 OR INOSL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29477, nitric-oxide synthase (NADPH) |
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-非ポリマー , 5種, 361分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.43 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: MES, sodium malonate, EPPS, NaCl, glycerol, H4B, β-mercaptoethanol, N-omega-propyl-L-Arg., pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 69234 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 51.3 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.384 / % possible all: 89.4 |
反射 | *PLUS Num. obs: 128211 / Num. measured all: 350863 / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.4 % / Rmerge(I) obs: 0.384 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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