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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qu2 | ||||||
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タイトル | INSIGHTS INTO EDITING FROM AN ILE-TRNA SYNTHETASE STRUCTURE WITH TRNA(ILE) AND MUPIROCIN | ||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE/RNA / PROTEIN-RNA COMPLEX / METAL IONS (金属) / EDITING TRNA SYNTHETASE / DOUBLE-SIEVE / LIGASE-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 イソロイシンtRNAリガーゼ / isoleucine-tRNA ligase activity / isoleucyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Silvian, L.F. / Wang, J. / Steitz, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1999 タイトル: Insights into editing from an ile-tRNA synthetase structure with tRNAile and mupirocin. 著者: Silvian, L.F. / Wang, J. / Steitz, T.A. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Metal Ions that Stabilize the tRNA and Mediate the Recognition by its Cognate Synthetase 著者: Wang, J. / Silvian, L.F. / Steitz, T.A. #2: ジャーナル: To be Published タイトル: Switching from a Resting to Synthetic and Hydrolytic Modes in Editing tRNA Synthetases 著者: Wang, J. / Silvian, L.F. / Steitz, T.A. #3: ジャーナル: To be Published タイトル: Structure Based Drug Design Against Mupirocin Resistant Staphylococcus Aureus 著者: Wang, J. / Silvian, L.F. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qu2.cif.gz | 251 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qu2.ent.gz | 191.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qu2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/1qu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/1qu2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 TA
#1: RNA鎖 | 分子量: 24236.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 105057.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41972, イソロイシンtRNAリガーゼ |
-非ポリマー , 5種, 342分子
#3: 化合物 | ChemComp-K / | ||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MRC / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.82 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: EVAPORATION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.94 |
検出器 | タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.94 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→500 Å / Num. all: 67758 / Num. obs: 67758 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rsym value: 0.079 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.079 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 350319.2 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.64 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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