PDB-1q6e: Crystal Structure of Soybean Beta-Amylase Mutant (E178Y) with Inc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1q6e

タイトル

Crystal Structure of Soybean Beta-Amylase Mutant (E178Y) with Increased pH Optimum at pH 5.4

要素

beta-amylase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / BETA-ALPHA-BARRELS /

BETA-AMYLASE /

MALTOSE COMPLEX (マルトース) / INCREASED pH OPTIMUM

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-amylase /

beta-amylase activity / amylopectin maltohydrolase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Glycine max (ダイズ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Hirata, A. / Adachi, M. / Sekine, A. / Kang, Y.N. / Utsumi, S. / Mikami, B.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural and Enzymatic Analysis of Soybean {beta}-Amylase Mutants with Increased pH Optimum
著者: Hirata, A. / Adachi, M. / Sekine, A. / Kang, Y.N. / Utsumi, S. / Mikami, B.

履歴

登録	2003年8月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年11月10日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1q6e.cif.gz	114.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1q6e.ent.gz	91.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1q6e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/1q6e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/1q6e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1q6cC 1q6dC 1q6fC 1q6gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1wdp-d 1wdq-d 1ukp-2 1v3h-d 1ukp-4 1btc-d 1q6c-d 5f13-3 1b1y-d 1v3i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#138 - 2011年6月
グルカン分解酵素 (Glucansucrase)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-amylase

ヘテロ分子

56.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.928, 85.928, 144.899
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質

beta-amylase /

分子量: 55999.230 Da / 分子数: 1 / 変異: E178Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Glycine max (ダイズ) / プラスミド: pKK233-2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: Q42795, UniProt: P10538*PLUS,

beta-amylase

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖, Oligosaccharide

オリゴ糖
クラス: 栄養素

栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose

#3: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-maltose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖, Oligosaccharide

オリゴ糖
クラス: 栄養素

栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-maltose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン /

硫酸塩

分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

配列の詳細

THIS CONFLICT BASED ON A REASONABLE SPECIFIC ACTIVITY OF CRUDE EXTRACT. THE REFFERENCE IS JOURNAL ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.47 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: ammonium sulfate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	24 mg/ml	protein	1	drop
2	0.1 M	sodium acetate	1	drop	pH5.4
3	48 %	ammonium sulfate	1	reservoir
4	0.1 M	sodium acetate	1	reservoir
5	1 mM	EDTA	1	reservoir
6	18 mM	2-mercaptoethanol	1	reservoir	pH5.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2003年2月17日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→24.04 Å / Num. all: 51934 / Num. obs: 49640 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / B_iso Wilson estimate: 9.5 Å² / R_sym value: 0.066
反射シェル	解像度: 1.87→1.94 Å / % possible all: 63.7
反射	PLUS Num. measured all: 247346 / R_merge(I) obs*: 0.066
反射シェル	PLUS % possible obs: 63.7 % / Num. unique obs: 3245 / Num. measured obs: 6847 / R_merge(I) obs*: 0.444

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1	精密化
SAINT		データ削減
SAINT		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→14.91 Å / R_factor R_free error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1449548.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	3997	10.2 %	RANDOM
R_work	0.175	-	-	-
obs	0.175	39375	86.1 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 46.5662 Å² / k_sol: 0.357302 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.86 Å²	4.62 Å²	0 Å²
2-	-	2.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.72 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.25 Å	0.2 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.25 Å	0.22 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→14.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3950	0	56	312	4318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	22.5
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.8
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.27	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.84	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.24	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.24	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.07 Å / R_factor R_free error: 0.012 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	602	10.8 %
R_work	0.263	4973	-
obs	-	-	74.2 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	CARBOHYDRATE.PARAM	CARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4	ION.PARAM	ION.TOP
X-RAY DIFFRACTION	5	CIS_PEPTIDE.PARAM

精密化

*PLUS

最低解像度: 15 Å / R_factor R_free: 0.215 / R_factor R_work: 0.177

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.26
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	22.5
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.8

LS精密化シェル

*PLUS

最低解像度: 2.02 Å / R_factor R_free: 0.29 / R_factor R_work: 0.27 / Num. reflection R_work: 3228

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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