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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pqv | ||||||
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タイトル | RNA polymerase II-TFIIS complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / MRNA CLEAVAGE / PROOFREADING (校正) / BACKTRACKING (バックトラッキング) / GENE EXPRESSION (遺伝子発現) / MULTIPROTEIN COMPLEX (タンパク質複合体) / PROTEIN SOAKING / TRANSFERASE-TRANSCRIPTION COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase II complex recruiting activity / regulation of mRNA 3'-end processing / RPB4-RPB7 complex / : / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / : / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : ...RNA polymerase II complex recruiting activity / regulation of mRNA 3'-end processing / RPB4-RPB7 complex / : / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / : / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / termination of RNA polymerase II transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase II complex binding / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / tRNA transcription by RNA polymerase III / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II activity / transcription-coupled nucleotide-excision repair / DNA修復 / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / translation initiation factor binding / transcription antitermination / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / ペルオキシソーム / cytoplasmic stress granule / single-stranded DNA binding / リボソーム生合成 / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / mRNA binding / DNA-templated transcription / 核小体 / ミトコンドリア / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Kettenberger, H. / Armache, K.-J. / Cramer, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2003 タイトル: Architecture of the RNA Polymerase II-TFIIS Complex and Implications for mRNA Cleavage 著者: Kettenberger, H. / Armache, K.-J. / Cramer, P. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003 タイトル: Architecture of initiation-competent 12-subunit RNA polymerase II 著者: Armache, K.-J. / Kettenberger, H. / Cramer, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pqv.cif.gz | 165.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pqv.ent.gz | 86.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pqv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/1pqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/1pqv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase II ... , 7種, 7分子 ABCDGIK
#1: タンパク質 | 分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04050, ポリメラーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P08518, ポリメラーゼ |
#3: タンパク質 | 分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P16370, ポリメラーゼ |
#4: タンパク質 | 分子量: 24674.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20433, ポリメラーゼ |
#7: タンパク質 | 分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P34087, ポリメラーゼ |
#9: タンパク質 | 分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P27999, ポリメラーゼ |
#11: タンパク質 | 分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38902, ポリメラーゼ |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III ... , 5種, 5分子 EFHJL
#5: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20434, ポリメラーゼ |
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#6: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20435, ポリメラーゼ |
#8: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20436, ポリメラーゼ |
#10: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22139, ポリメラーゼ |
#12: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40422, ポリメラーゼ |
-タンパク質 , 1種, 1分子 S
#13: タンパク質 | 分子量: 34903.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07273 |
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-非ポリマー , 2種, 10分子
#14: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#15: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
配列の詳細 | SEQUENCE Numbering of residues D86-D114 is arbitrary. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.81 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: sodium-ammonium tartrate, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.979 Å |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.8→50 Å / Num. all: 115508 / Num. obs: 115508 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.089 |
反射 シェル | 解像度: 3.8→3.94 Å / 冗長度: 1.2 % / Num. unique all: 9618 / Rsym value: 0.355 / % possible all: 81 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.089 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 3.8 Å / % possible obs: 81 % / Num. unique obs: 9618 / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.8→50 Å / σ(F): 0 / 詳細: No least square refinement has been performed. /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.8→50 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.8 Å / Rfactor Rwork: 0.392 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |