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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1omw | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the complex between G Protein-Coupled Receptor Kinase 2 and Heterotrimeric G Protein beta 1 and gamma 2 subunits | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / WD-40 repeat | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Calmodulin induced events / beta-adrenergic-receptor kinase / negative regulation of the force of heart contraction by chemical signal / negative regulation of relaxation of smooth muscle / Activation of SMO / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / tachykinin receptor signaling pathway ...Calmodulin induced events / beta-adrenergic-receptor kinase / negative regulation of the force of heart contraction by chemical signal / negative regulation of relaxation of smooth muscle / Activation of SMO / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / tachykinin receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / negative regulation of striated muscle contraction / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of protein localization to cilium / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / regulation of the force of heart contraction / Activation of the phototransduction cascade / positive regulation of smoothened signaling pathway / G protein-coupled receptor internalization / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (z) signalling events / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / regulation of signal transduction / cardiac muscle contraction / viral genome replication / cell projection / G protein-coupled receptor binding / intracellular protein transport / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / photoreceptor disc membrane / cellular response to catecholamine stimulus / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / sensory perception of taste / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / signaling receptor complex adaptor activity / presynapse / retina development in camera-type eye / GTPase binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / heart development / postsynapse / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / protein kinase activity / symbiont entry into host cell / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein phosphorylation / GTPase activity / protein-containing complex binding / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Lodowski, D.T. / Pitcher, J.A. / Capel, W.D. / Lefkowitz, R.J. / Tesmer, J.J.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2003 タイトル: Keeping G proteins at Bay: A Complex Between G Protein-Coupled Receptor Kinase 2 and G-Beta-Gamma 著者: Lodowski, D.T. / Pitcher, J.A. / Capel, W.D. / Lefkowitz, R.J. / Tesmer, J.J.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1omw.cif.gz | 213.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1omw.ent.gz | 169.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1omw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/1omw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/1omw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 79749.922 Da / 分子数: 1 / 変異: S670A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GRK2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P21146, EC: 2.7.1.126 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 37416.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNB1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P62871 |
#3: タンパク質 | 分子量: 8406.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNG2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P63212 |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.3 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.75 詳細: PEG 3350, Sodium Chloride, CHAPS, ATP, Magnesium Chloride, Mastoparan , MES pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Lodowski, D.T., (2003) Acta Crystallogr., D59, 936. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 135084 / Num. obs: 56160 / % possible obs: 73.6 % / Observed criterion σ(F): -2 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 37.42 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 15.3 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 0.67 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1977 / Rsym value: 0.253 / % possible all: 12.7 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. obs: 38258 / Rmerge(I) obs: 0.053 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.253 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ABG, 1ATP, 1BAK, 1DK8 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / SU B: 10.266 / SU ML: 0.205 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS refinement 交差検証法: The structure was initally solved with R-free as the cross validation method, but for the last three rounds of refinement, the structure was refined against all of the data. σ(F): -2 / ESU R: 0.72 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Due to the extreme anisotropy of the data, a three dimensional ellipsoid with resolution limits corresponding to the maximum diffraction in ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Due to the extreme anisotropy of the data, a three dimensional ellipsoid with resolution limits corresponding to the maximum diffraction in each direction was defined to select reflections used in refinement. These diffraction limits were 2.4, 2.8, 3.0 Angstroms. The 2.4 A direction corresponds to 37.9 degrees inclined from the a* axis, the 2.8 A direction corresponds to the b* axis and the 3.0 A direction corresponds to direction 1 X b*.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.933 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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