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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oiv | ||||||
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タイトル | X-ray structure of the small G protein Rab11a in complex with GDP | ||||||
要素 | RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / SMALL G PROTEIN (低分子量GTPアーゼ) / INTRACELLULAR TRAFFICKING / GTP-BINDING / LIPOPROTEIN (リポタンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Anchoring of the basal body to the plasma membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / RAB geranylgeranylation / regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of multivesicular body size / regulation of endocytic recycling / postsynaptic recycling endosome / establishment of protein localization to organelle / plasma membrane to endosome transport ...Anchoring of the basal body to the plasma membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / RAB geranylgeranylation / regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of multivesicular body size / regulation of endocytic recycling / postsynaptic recycling endosome / establishment of protein localization to organelle / plasma membrane to endosome transport / establishment of vesicle localization / regulation of cilium assembly / exosomal secretion / amyloid-beta clearance by transcytosis / melanosome transport / kinetochore microtubule / astral microtubule organization / VxPx cargo-targeting to cilium / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / exocytic vesicle / regulation of vesicle-mediated transport / RAB geranylgeranylation / myosin V binding / protein localization to cilium / multivesicular body assembly / dynein light intermediate chain binding / establishment of protein localization to membrane / protein localization to cell surface / TBC/RABGAPs / syntaxin binding / mitotic metaphase chromosome alignment / positive regulation of epithelial cell migration / エキソサイトーシス / 分裂溝 / mitotic spindle assembly / centriolar satellite / positive regulation of axon extension / phagocytic vesicle / 小胞 / vesicle-mediated transport / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / 中心小体 / エンドソーム / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / trans-Golgi network membrane / regulation of cytokinesis / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / protein localization to plasma membrane / ゴルジ体 / cytoplasmic vesicle membrane / recycling endosome / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / 紡錘体 / recycling endosome membrane / neuron projection development / endocytic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / vesicle / エンドソーム / 神経繊維 / protein domain specific binding / ゴルジ体 / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / protein-containing complex / extracellular exosome / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å | ||||||
データ登録者 | Pasqualato, S. / Senic-Matuglia, F. / Renault, L. / Goud, B. / Salamero, J. / Cherfils, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: The Structural Gdp/GTP Cycle of Rab11 Reveals a Novel Interface Involved in the Dynamics of Recycling Endosomes 著者: Pasqualato, S. / Senic-Matuglia, F. / Renault, L. / Goud, B. / Salamero, J. / Cherfils, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1oiv.cif.gz | 86.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1oiv.ent.gz | 63.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1oiv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/1oiv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/1oiv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.31774, -0.90002, 0.29833), ベクター: 詳細 | THIS MAY BE RESULT OF CRYSTAL PACKING | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21540.230 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-173 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DELETION MUTANT LACKING THE 43 C-TERMINAL RESIDUES / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P24410, UniProt: P62491*PLUS #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.69 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 詳細: 1.7M (NH4)2SO4,5%PEG400,8% 1,3 BUTANEDIOL,0.1M TRIS-HCL PH8.0, pH 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 8.5 / PH range high: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 |
検出器 | 日付: 2001年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→25 Å / Num. obs: 26143 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.393 / % possible all: 97.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 26100 / Num. measured all: 233617 / Rmerge(I) obs: 0.049 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.4 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1G16 解像度: 1.98→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1189171.58 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: RESIDUES OF THE N-TERMINAL HIS6-TAG AND LINKER WERE DISORDERED AND NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAP, AS WELL AS THE FIRST 5 RESIDUES OF RAB11A. ASP6 WAS MODELLED AS ALANINE BECAUSE ITS ...詳細: RESIDUES OF THE N-TERMINAL HIS6-TAG AND LINKER WERE DISORDERED AND NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAP, AS WELL AS THE FIRST 5 RESIDUES OF RAB11A. ASP6 WAS MODELLED AS ALANINE BECAUSE ITS SIDE CHAIN WAS NOT VISIBLE
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.7544 Å2 / ksol: 0.399156 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.98→2.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 15
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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