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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ofy | ||||||
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タイトル | three dimensional structure of the reduced form of nine-heme cytochrome c at ph 7.5 | ||||||
要素 | NINE HEME CYTOCHROME C | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / MULTIHEME CYTOCHROME C / ELECTRON TRANSFER (電子移動反応) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | DESULFOVIBRIO DESULFURICANS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Bento, I. / Teixeira, V.H. / Baptista, A.M. / Soares, C.M. / Matias, P.M. / Carrondo, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Redox-Bohr and Other Cooperativity Effects in the Nine-Heme Cytochrome C from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc 27774: Crystallographic and Modeling Studies 著者: Bento, I. / Teixeira, V.H. / Baptista, A.M. / Soares, C.M. / Matias, P.M. / Carrondo, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ofy.cif.gz | 160.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ofy.ent.gz | 128 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ofy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/1ofy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/1ofy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32264.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) DESULFOVIBRIO DESULFURICANS (バクテリア) 参照: UniProt: Q9RN68 #2: 化合物 | ChemComp-HEC / #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.7 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Coelho, A.V., (1996) Protein Sci., 5, 1189. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.8 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→25 Å / Num. obs: 65158 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.72 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.69 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 25 Å / 冗長度: 2.72 % / Num. measured all: 177499 / Rmerge(I) obs: 0.064 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / % possible obs: 98 % / Rmerge(I) obs: 0.371 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 19HC 解像度: 2→25 Å / Num. parameters: 23131 / Num. restraintsaints: 28791 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 9 / Occupancy sum non hydrogen: 5701 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.237 / Rfactor Rwork: 0.185 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |