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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nse | ||||||
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タイトル | BOVINE ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE | ||||||
要素 | NITRIC OXIDE SYNTHASE一酸化窒素合成酵素 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NITRIC OXIDE SYNTHASE (一酸化窒素合成酵素) / ARGININE (アルギニン) / HEME PROTEIN / TETRAHYDROBIOPTERIN (テトラヒドロビオプテリン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure ...cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / mitochondrion organization / response to hormone / カベオラ / 凝固・線溶系 / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / response to lipopolysaccharide / 細胞骨格 / calmodulin binding / heme binding / ゴルジ体 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Kral, V. / Masters, B.S.S. / Poulos, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of constitutive endothelial nitric oxide synthase: a paradigm for pterin function involving a novel metal center. 著者: Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Kral, V. / Masters, B.S. / Poulos, T.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nse.cif.gz | 197.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nse.ent.gz | 153.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nse.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/1nse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/1nse | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.283947, -0.941706, 0.180452), ベクター: |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 49710.105 Da / 分子数: 2 / 断片: HEME DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / Cell: ENDOTHELIAL / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P29473, nitric-oxide synthase (NADPH) |
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-非ポリマー , 8種, 607分子
#2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ZN / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1998年4月1日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: YES / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 74337 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 19.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.175 / % possible all: 80 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 217080 / Rmerge(I) obs: 0.044 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 80 % / Rmerge(I) obs: 0.175 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散, 多重同系置換・異常分散 解像度: 1.9→10 Å / Num. parameters: 29503 / Num. restraintsaints: 28087 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.206 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |