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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nk1 | ||||||
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タイトル | NK1 FRAGMENT OF HUMAN HEPATOCYTE GROWTH FACTOR/SCATTER FACTOR (HGF/SF) AT 2.5 ANGSTROM RESOLUTION | ||||||
要素 | PROTEIN (HEPATOCYTE GROWTH FACTOR PRECURSOR) | ||||||
キーワード | HORMONE/GROWTH FACTOR / HGF/SF (肝細胞増殖因子) / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / Drug-mediated inhibition of MET activation / skeletal muscle cell proliferation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / MET receptor recycling ...regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / Drug-mediated inhibition of MET activation / skeletal muscle cell proliferation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / MET receptor recycling / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / myoblast proliferation / MET activates PI3K/AKT signaling / MET activates PTK2 signaling / positive regulation of DNA biosynthetic process / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / chemoattractant activity / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of interleukin-10 production / 上皮間葉転換 / positive regulation of osteoblast differentiation / MET activates RAS signaling / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Interleukin-7 signaling / cell chemotaxis / negative regulation of autophagy / platelet alpha granule lumen / liver development / epithelial cell proliferation / growth factor activity / cell morphogenesis / Negative regulation of MET activity / negative regulation of inflammatory response / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Platelet degranulation / PIP3 activates AKT signaling / mitotic cell cycle / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Chirgadze, D.Y. / Hepple, J.P. / Zhou, H. / Byrd, R.A. / Blundell, T.L. / Gherardi, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of the NK1 fragment of HGF/SF suggests a novel mode for growth factor dimerization and receptor binding. 著者: Chirgadze, D.Y. / Hepple, J.P. / Zhou, H. / Byrd, R.A. / Blundell, T.L. / Gherardi, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nk1.cif.gz | 81.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nk1.ent.gz | 61.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nk1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/1nk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/1nk1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.908811, 0.40823, 0.086081), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21172.273 Da / 分子数: 2 / 断片: NK1 / 変異: A29V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: SYNTHETIC GENE / Cell: FIBROBLAST / 細胞株: MRC5 / 細胞内の位置: EXTRACELLULARGlossary of biology / 遺伝子: HEPATOCYTE GROWTH FACTOR/SCATTER FACTOR / 器官: LUNG肺 / プラスミド: PPIC-9K / 細胞内の位置 (発現宿主): EXTRACELLULAR / 遺伝子 (発現宿主): AOX-1 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P14210 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.7 詳細: 18% PEG4000, 0.20M SODIUM ACETATE, 0.15M TRIS, PH 8.5 , pH 8.7 | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 13148 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 41.7 Å2 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.262 / % possible all: 97.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 44611 / Rmerge(I) obs: 0.042 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.9 % / Rmerge(I) obs: 0.262 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRIES 1PKR AND 2HGF 解像度: 2.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 41.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 41.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.474 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor Rwork: 0.385 |