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- PDB-1nf1: THE GAP RELATED DOMAIN OF NEUROFIBROMIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nf1
タイトルTHE GAP RELATED DOMAIN OF NEUROFIBROMIN
要素PROTEIN (NEUROFIBROMIN)
キーワードSIGNALING PROTEIN / NEUROFIBROMIN / TYPE I NEUROFIBROMATOSIS / NF1 / RAS / GAP / SIGNAL TRANSDUCTION (シグナル伝達) / CANCER (悪性腫瘍) / GROWTH REGULATION / GTP HYDROLYSIS / PATIENT MUTATION / ARGININE FINGER
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / observational learning / Schwann cell migration / negative regulation of Schwann cell migration / vascular associated smooth muscle cell migration / amygdala development / mast cell apoptotic process ...positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / observational learning / Schwann cell migration / negative regulation of Schwann cell migration / vascular associated smooth muscle cell migration / amygdala development / mast cell apoptotic process / negative regulation of mast cell proliferation / Schwann cell proliferation / vascular associated smooth muscle cell proliferation / mast cell proliferation / glutamate secretion, neurotransmission / negative regulation of Schwann cell proliferation / negative regulation of leukocyte migration / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / positive regulation of adenylate cyclase activity / forebrain morphogenesis / regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of neurotransmitter secretion / hair follicle maturation / regulation of blood vessel endothelial cell migration / cell communication / camera-type eye morphogenesis / smooth muscle tissue development / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / myelination in peripheral nervous system / sympathetic nervous system development / phosphatidylcholine binding / myeloid leukocyte migration / phosphatidylethanolamine binding / peripheral nervous system development / metanephros development / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / endothelial cell proliferation / artery morphogenesis / collagen fibril organization / regulation of bone resorption / regulation of long-term synaptic potentiation / neural tube development / regulation of postsynapse organization / forebrain astrocyte development / 顔料 / negative regulation of neuroblast proliferation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / adrenal gland development / negative regulation of protein import into nucleus / negative regulation of cell-matrix adhesion / spinal cord development / regulation of GTPase activity / negative regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of MAPK cascade / Rac protein signal transduction / oligodendrocyte differentiation / negative regulation of osteoclast differentiation / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / negative regulation of astrocyte differentiation / neuroblast proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of angiogenesis / Schwann cell development / skeletal muscle tissue development / negative regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of stem cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of endothelial cell proliferation / GTPase activator activity / extracellular matrix organization / negative regulation of angiogenesis / osteoclast differentiation / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of MAP kinase activity / negative regulation of cell migration / liver development / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / long-term synaptic potentiation / stem cell proliferation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / brain development / negative regulation of protein kinase activity / visual learning / wound healing / cerebral cortex development / 認識 / osteoblast differentiation / positive regulation of GTPase activity / protein import into nucleus / Regulation of RAS by GAPs / positive regulation of neuron apoptotic process / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / presynapse / cellular response to heat / heart development / fibroblast proliferation / actin cytoskeleton organization / 遺伝子発現の調節 / 血管新生
類似検索 - 分子機能
GTPase Activation - p120GAP; domain 1 / GTPase Activation - p120gap; domain 1 / Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Divergent CRAL/TRIO domain ...GTPase Activation - p120GAP; domain 1 / GTPase Activation - p120gap; domain 1 / Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Rho GTPase activation protein / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Scheffzek, K. / Ahmadian, M.R. / Wiesmueller, L. / Kabsch, W. / Stege, P. / Schmitz, F. / Wittinghofer, A.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: Structural analysis of the GAP-related domain from neurofibromin and its implications.
著者: Scheffzek, K. / Ahmadian, M.R. / Wiesmuller, L. / Kabsch, W. / Stege, P. / Schmitz, F. / Wittinghofer, A.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: The Ras-Rasgap Complex: Structural Basis for Gtpase Activation and its Loss in Oncogenic Ras Mutants
著者: Scheffzek, K. / Ahmadian, M.R. / Kabsch, W. / Wiesmueller, L. / Lautwein, A. / Schmitz, F. / Wittinghofer, A.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Confirmation of the Arginine-Finger Hypothesis for the Gap-Stimulated GTP- Hydrolysis Reaction of Ras
著者: Ahmadian, M.R. / Stege, P. / Scheffzek, K. / Wittinghofer, A.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Structural Differences in the Minimal Catalytic Domains of the Gtpasse- Activating Proteins P120Gap and Neurofibromin
著者: Ahmadian, M.R. / Wiesmueller, L. / Lautwein, A. / Bischoff, F.R. / Wittinghofer, A.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: 3-Dimensional Structure of the Gtpase Activating Domain of Human P120Gap and Implications for the Interaction with Ras
著者: Scheffzek, K. / Lautwein, A. / Kabsch, W. / Ahmadian, M.R. / Wittinghofer, A.
#5: ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: Formation of a Transition-State Analog of the Ras Gtpase Reaction by Ras:Gdp, Tetrafluoroaluminate and Gtpase-Activating Proteins
著者: Mittal, R. / Ahmadian, M.R. / Goody, R.S. / Wittinghofer, A.
#6: ジャーナル: Neuron / 年: 1993
タイトル: The Neurofibromatosis Type I Gene and its Protein Product
著者: Gutmann, D.H. / Collins, F.S.
#7: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1990
タイトル: The NF1 Locus Encodes a Protein Functionally Related to Mammalian Gap and Yeast Ira Proteins
著者: Ballester, R. / Marchuk, D. / Boguski, M. / Saulino, A. / Letcher, R. / Wigler, M. / Collins, F.
#8: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1990
タイトル: The Gap-Related Domain of the Neurofibromatosis Type I Gene Product Interacts with Ras P21
著者: Martin, G.A. / Viskochil, D. / Bollag, G. / Mccabe, P.C. / Crosier, W.J. / Hausbruck, H. / Conroy, L. / Clark, R. / O'Connell, P. / Cawthon, R.M. / Innis, M.A. / Mccormick, F.
#9: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1990
タイトル: The Catalytic Domain of the Neurofibromatosis Type I Gene Product Stimulates Ras Gtpase and Complements Ira Mutants of S. Cerevisiae
著者: Xu, G. / Lin, B. / Tanaka, K. / Dunn, D. / Wod, D. / Gesteland, R. / White, R. / Weiss, R. / Tamanoi, F.
#10: ジャーナル: Embo J. / 年: 1990
タイトル: Refined Crystal Structure of the Triphosphate Conformation of H-Ras P21 at 1.35 A Resolution: Implications for the Mechanism of GTP Hydrolysis
著者: Pai, E.F. / Krengel, U. / Petsko, G.A. / Goody, R.S. / Kabsch, W. / Wittinghofer, A.
履歴
登録1998年7月8日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (NEUROFIBROMIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9831
ポリマ－37,9831
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.250, 58.300, 74.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (NEUROFIBROMIN) / NF1-333


分子量: 37982.672 Da / 分子数: 1 / 断片: GAP RELATED DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SEE REF.5 FOR DETAILS / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: S. REF. 4 / 細胞内の位置: CYTOSOL細胞質基質 / プラスミド: PETNF1-333 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DG103 / 参照: UniProt: P21359

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.98 %
結晶化pH: 8 / 詳細: S. REF. DESCRIBING THE STRUCTURE, pH 8
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
118-22 %PEG33501reservoir
2100 mMTris-HCl1reservoir
3200 mM1reservoirMgCl2
430 mMTris-Cl1drop
55 mM1dropMgCl2
63 mMDTE1drop
720 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.91
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 50172 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 52.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
Num. obs: 11665 / % possible obs: 99.8 % / Num. measured all: 50172 / Rmerge(I) obs: 0.073

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8精密化
XDS(W.KABSCH)データ削減
XSCALE(KABSCH)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.5→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED IN FINAL STAGES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.369 1152 10 %RANDOM
Rwork0.266 ---
obs0.266 10926 93.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.58 Å0.41 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1948 0 0 0 1948
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.02
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.071.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.022
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.612
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.592.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.436 143 11.9 %
Rwork0.4 1058 -
obs--82.7 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.02
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Rfactor Rfree: 0.436 / % reflection Rfree: 11.9 % / Rfactor Rwork: 0.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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