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- PDB-1ncr: The structure of Rhinovirus 16 when complexed with pleconaril, an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ncr
タイトルThe structure of Rhinovirus 16 when complexed with pleconaril, an antiviral compound
要素(coat protein ...) x 4
キーワードVIRUS (ウイルス) / HRV16 / rhinovirus (ライノウイルス) / pleconaril / piconavirus / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / DNA複製 / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / structural molecule activity / virion attachment to host cell / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ミリスチン酸 / Chem-W11 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human rhinovirus 16 (ライノウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zhang, Y. / Simpson, A.A. / Bator, C.M. / Chakravarty, S. / Pevear, D.C. / Skochko, G.A. / Tull, T.M. / Diana, G. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2004
タイトル: Structural and virological studies of the stages of virus replication that are affected by antirhinovirus compounds
著者: Zhang, Y. / Simpson, A.A. / Ledford, R.M. / Bator, C.M. / Chakravarty, S. / Skochko, G.A. / Demenczuk, T.M. / Watanyar, A. / Pevear, D.C. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2002年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: coat protein VP1
B: coat protein VP2
C: coat protein VP3
D: coat protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,8557
ポリマ－95,1804
非ポリマー6753
水6,089338
1
A: coat protein VP1
B: coat protein VP2
C: coat protein VP3
D: coat protein VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,751,319420
ポリマ－5,710,811240
非ポリマー40,508180
水4,324240
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
A: coat protein VP1
B: coat protein VP2
C: coat protein VP3
D: coat protein VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 479 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)479,27735
ポリマ－475,90120
非ポリマー3,37615
水36020
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
A: coat protein VP1
B: coat protein VP2
C: coat protein VP3
D: coat protein VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 575 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)575,13242
ポリマ－571,08124
非ポリマー4,05118
水43224
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)359.494, 343.657, 332.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

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Coat protein ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 coat protein VP1


分子量: 32501.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human rhinovirus 16 (ライノウイルス)
属: Rhinovirusライノウイルス / 生物種: Human rhinovirus Aライノウイルス / 参照: UniProt: Q82122
#2: タンパク質 coat protein VP2


分子量: 28990.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human rhinovirus 16 (ライノウイルス)
属: Rhinovirusライノウイルス / 生物種: Human rhinovirus Aライノウイルス / 参照: UniProt: Q82122
#3: タンパク質 coat protein VP3


分子量: 26314.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human rhinovirus 16 (ライノウイルス)
属: Rhinovirusライノウイルス / 生物種: Human rhinovirus Aライノウイルス / 参照: UniProt: Q82122
#4: タンパク質 coat protein VP4


分子量: 7374.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human rhinovirus 16 (ライノウイルス)
属: Rhinovirusライノウイルス / 生物種: Human rhinovirus Aライノウイルス / 参照: UniProt: Q82122

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非ポリマー , 4種, 341分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-W11 / 3-{3,5-DIMETHYL-4-[3-(3-METHYL-ISOXAZOL-5-YL)-PROPOXY]-PHENYL}-5-TRIFLUOROMETHYL-[1,2,4]OXADIAZOLE / WIN63843 / プレコナリル / Pleconaril


分子量: 381.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18F3N3O3 / コメント: 抗ウイルス剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸 / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.25 MHEPES1reservoir
20.25 M1reservoirNaCl
30.1 M1reservoirCaCl2
40.3 %PEG80001reservoir
520000 mg/mlprotein1drop

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 452981 / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
% possible obs: 40.9 % / Num. measured all: 1107533 / Rmerge(I) obs: 0.133
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 34.9 % / Rmerge(I) obs: 0.395

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.247 -random
Rwork0.243 --
all0.247 --
obs0.247 452981 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6336 0 43 338 6717
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.248 / Rfactor Rwork: 0.249
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.0061
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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