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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1naz | ||||||
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タイトル | structure of microgravity-grown oxidized myoglobin mutant YQR (ISS8A) | ||||||
要素 | Myoglobinミオグロビン | ||||||
キーワード | oxygen storage/transport / globin fold (グロビン) / nearly-atomic resolution / microgravity / oxygen storage-transport COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydrogen peroxide mediated signaling pathway / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physeter catodon (マッコウクジラ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.04 Å | ||||||
データ登録者 | Miele, A.E. / Federici, L. / Sciara, G. / Draghi, F. / Brunori, M. / Vallone, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Analysis of the effect of microgravity on protein crystal quality: the case of a myoglobin triple mutant. 著者: Miele, A.E. / Federici, L. / Sciara, G. / Draghi, F. / Brunori, M. / Vallone, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1naz.cif.gz | 55.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1naz.ent.gz | 38.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1naz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/1naz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/1naz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | the protein is a monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17461.250 Da / 分子数: 1 / 変異: L29Y, H64Q, T67R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) 遺伝子: myoglobin / プラスミド: pUC19 modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TB-1 / 参照: UniProt: P02185 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-OH / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-HEM / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.38 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: ammonium sulfate, tris, EDTA, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.001 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.001 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.04→20 Å / Num. obs: 99221 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.31 % / Biso Wilson estimate: 8.874 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 22.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.04→1.07 Å / 冗長度: 3.24 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Mean I/σ(I) obs: 18.5 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. obs: 97313 / Rmerge(I) obs: 0.03 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb code 1f65 解像度: 1.04→20 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 9.54 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.04→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.132 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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