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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n7s | ||||||
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タイトル | High Resolution Structure of a Truncated Neuronal SNARE Complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / neuronal SNARE protein complex / four helix bundle | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trans-Golgi Network Vesicle Budding / BLOC-1 complex / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / myosin head/neck binding / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / Other interleukin signaling / extrinsic component of presynaptic membrane / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex ...trans-Golgi Network Vesicle Budding / BLOC-1 complex / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / myosin head/neck binding / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / Other interleukin signaling / extrinsic component of presynaptic membrane / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / Lysosome Vesicle Biogenesis / positive regulation of norepinephrine secretion / regulation of synaptic vesicle priming / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / zymogen granule membrane / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / positive regulation of catecholamine secretion / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / regulated exocytosis / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / regulation of establishment of protein localization / presynaptic dense core vesicle exocytosis / ribbon synapse / storage vacuole / synaptic vesicle docking / response to gravity / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / eosinophil degranulation / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / 小胞融合 / vesicle docking / chloride channel inhibitor activity / Golgi to plasma membrane protein transport / SNARE complex / SNAP receptor activity / secretion by cell / regulation of vesicle-mediated transport / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / LGI-ADAM interactions / hormone secretion / calcium-ion regulated exocytosis / ミオフィラメント / positive regulation of intracellular protein transport / neurotransmitter secretion / regulation of exocytosis / positive regulation of hormone secretion / neurotransmitter receptor internalization / neuron projection terminus / 神経伝達物質輸送体 / ATP-dependent protein binding / protein localization to membrane / regulation of synaptic vesicle recycling / syntaxin-1 binding / insulin secretion / SNARE complex assembly / positive regulation of neurotransmitter secretion / synaptic vesicle priming / syntaxin binding / Neutrophil degranulation / クラスリン / regulation of synapse assembly / endosomal transport / myosin binding / modulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of neuron projection development / エキソサイトーシス / positive regulation of exocytosis / synaptic vesicle exocytosis / voltage-gated potassium channel activity / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / 学習 / protein sumoylation / synaptic vesicle endocytosis / long-term memory / 細胞内膜系 / calcium channel inhibitor activity / response to glucose / voltage-gated potassium channel complex / axonal growth cone / presynaptic active zone membrane / vesicle-mediated transport / somatodendritic compartment / photoreceptor inner segment / 軸索誘導 / SNARE binding / acrosomal vesicle / locomotory behavior / filopodium / 分泌 / long-term synaptic potentiation / establishment of localization in cell / postsynaptic density membrane / phospholipid binding / intracellular protein transport 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Ernst, J.A. / Brunger, A.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: High Resolution Structure, Stability, and Synaptotagmin Binding of a Truncated Neuronal SNARE Complex 著者: Ernst, J.A. / Brunger, A.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n7s.cif.gz | 77.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1n7s.ent.gz | 56.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n7s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/1n7s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/1n7s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1sfcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 7231.061 Da / 分子数: 1 / 断片: SBc / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63045 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 7850.891 Da / 分子数: 1 / 断片: SXc / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32851 |
#3: タンパク質 | 分子量: 9174.243 Da / 分子数: 1 / 断片: SN1b / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P60881 |
#4: タンパク質 | 分子量: 7484.302 Da / 分子数: 1 / 断片: SN2c / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P60881 |
-非ポリマー , 3種, 327分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.37 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: MPD, CaCl2, MES, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 and 20 ℃ / pH: 7.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月6日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→34.14 Å / Num. all: 49616 / Num. obs: 48574 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.69 / Rsym value: 0.69 / Net I/σ(I): 20.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 4310 / Rsym value: 0.439 / % possible all: 88.4 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88.4 % / Num. unique obs: 4310 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SFC 解像度: 1.45→34.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.2806 Å2 / ksol: 0.407671 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→34.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.45→1.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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