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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n7r | |||||||||
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タイトル | Streptococcus pneumoniae Hyaluronate Lyase W291A/W292A/F343V Mutant complex with hexasaccharide hyaluronan | |||||||||
要素 | HYALURONIDASEヒアルロニダーゼ | |||||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / protein mutant | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hyaluronate lyase / hyaluronate lyase activity / organic substance catabolic process / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Nukui, M. / Taylor, K.B. / McPherson, D.T. / Shigenaga, M. / Jedrzejas, M.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: The function of hydrophobic residues in the catalytic cleft of Streptococcus pneumoniae hyaluronate lyase. Kinetic characterization of mutant enzyme forms 著者: Nukui, M. / Taylor, K.B. / McPherson, D.T. / Shigenaga, M. / Jedrzejas, M.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n7r.cif.gz | 167.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1n7r.ent.gz | 134.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n7r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/1n7r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/1n7r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 82039.328 Da / 分子数: 1 / 変異: W291A/W292A/F343V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) プラスミド: pEt20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: GenBank: 437705, UniProt: Q54873*PLUS, hyaluronate lyase |
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#2: 多糖 | beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.05 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: AMMONIUM SULFATE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月21日 / 詳細: SI |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 45691 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Rsym value: 0.206 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.421 / Rsym value: 0.421 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.21 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 45837 / Num. measured all: 394836 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1LOH 解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.21 Å / 最低解像度: 50 Å | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.28 Å / Rfactor Rfree: 0.285 / Rfactor Rwork: 0.204 |