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- PDB-1n5n: Crystal Structure of Peptide Deformylase from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n5n
タイトルCrystal Structure of Peptide Deformylase from Pseudomonas aeruginosa
要素Peptide deformylaseペプチドデホルミラーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / metalloenzyme (金属タンパク質) / drug design (医薬品設計) / deformylation
機能・相同性
機能・相同性情報


co-translational protein modification / peptidyl-methionine modification / N-terminal protein amino acid modification / ペプチドデホルミラーゼ / peptide deformylase activity / 翻訳 (生物学) / metal ion binding
Peptide deformylase superfamily / ペプチドデホルミラーゼ / Polypeptide deformylase
ペプチドデホルミラーゼ
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kreusch, A. / Spraggon, G. / Lee, C.C. / Klock, H. / McMullan, D. / Ng, K. / Shin, T. / Vincent, J. / Warner, I. / Ericson, C. / Lesley, S.A.
引用ジャーナル: J.MOL.BIOL. / : 2003
タイトル: Structure analysis of peptide deformylases from streptococcus pneumoniae,staphylococcus aureus, thermotoga maritima, and pseudomonas aeruginosa: snapshots of the oxygen sensitivity of peptide deformylase
著者: Kreusch, A. / Spraggon, G. / Lee, C.C. / Klock, H. / McMullan, D. / Ng, K. / Shin, T. / Vincent, J. / Warner, I. / Ericson, C. / Lesley, S.A.
構造検証レポート
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履歴
登録2002年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide deformylase
B: Peptide deformylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1417
ポリマ-41,7342
非ポリマー4075
4,720262
1
A: Peptide deformylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1164
ポリマ-20,8671
非ポリマー2503
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptide deformylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0243
ポリマ-20,8671
非ポリマー1582
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
γ
α
β
Length a, b, c (Å)68.612, 73.562, 75.995
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Peptide deformylase / ペプチドデホルミラーゼ / PDF / Polypeptide deformylase


分子量: 20866.818 Da / 分子数: 2 / 変異: D84E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / プラスミド: pMH4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): geneHogs / 参照: UniProt: Q9I7A8, ペプチドデホルミラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn / 亜鉛
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3 / グリセリン
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / : H2O /

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー係数: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Peg6000, LiCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS

Crystal-ID: 1 / Sol-ID: reservoir

ID濃度一般名化学式詳細
120 %PEG6000
21.0 MLiCl
30.1 MMESpH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→41.87 Å / Num. all: 36473 / Num. obs: 36428 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 26 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Num. unique all: 1791 / Rsym value: 0.341 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.083
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.341

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1BS4
解像度: 1.8→41.87 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 1790 -random
Rwork0.196 ---
All-36428 --
Obs-35997 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.53 Å20 Å20 Å2
2---4.73 Å20 Å2
3---1.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2675 0 20 262 2957
拘束条件
精密化-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.044
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d3.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.53
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.023
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 303 -
Rwork0.339 --
Obs-5506 97.9 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.245 / Rfactor Rwork: 0.197
拘束条件
*PLUS
精密化-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.53

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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