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- PDB-1mzp: Structure of the L1 protuberance in the ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mzp
タイトルStructure of the L1 protuberance in the ribosome
要素
  • 50s ribosomal protein L1Pリボソーム
  • fragment of 23S rRNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / ribosomal protein / RNA-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / regulation of translation / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学)
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1/L10, domain II / Ribosomal protein L1/L10, rRNA-binding domain / Ribosomal protein L1, archaea / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein ...Ribosomal protein L1/L10, domain II / Ribosomal protein L1/L10, rRNA-binding domain / Ribosomal protein L1, archaea / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein uL1
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Nikulin, A. / Eliseikina, I. / Tishchenko, S. / Nevskaya, N. / Davydova, N. / Platonova, O. / Piendl, W. / Selmer, M. / Liljas, A. / Zimmermann, R. ...Nikulin, A. / Eliseikina, I. / Tishchenko, S. / Nevskaya, N. / Davydova, N. / Platonova, O. / Piendl, W. / Selmer, M. / Liljas, A. / Zimmermann, R. / Garber, M. / Nikonov, S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure of the L1 protuberance in the ribosome.
著者: Nikulin, A. / Eliseikina, I. / Tishchenko, S. / Nevskaya, N. / Davydova, N. / Platonova, O. / Piendl, W. / Selmer, M. / Liljas, A. / Drygin, D. / Zimmermann, R. / Garber, M. / Nikonov, S.
履歴
登録2002年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: fragment of 23S rRNA
A: 50s ribosomal protein L1P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6005
ポリマ－42,5272
非ポリマー733
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)156.010, 156.010, 90.429
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: RNA鎖 fragment of 23S rRNA


分子量: 17836.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthesis of the RNA fragment from the plasmid pDD55; sequence from cell-free(in vitro) system without living organism.
#2: タンパク質 50s ribosomal protein L1P / リボソーム


分子量: 24690.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
解説: AUTHOR STATES TO AVOID THE POTENTIAL MISINCORPORATION OF LYSINE INSTEAD OF ARGININE, THE HOST STRAIN WAS COTRANSFORMED WITH PUBS520, A PLASMID CARRYING THE GENE FOR TRNA(ARG)AGA-AGG.
プラスミド: pSacL1.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P35024
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG400, Tris HCl, KCl, MgCl2, ph 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2Tris HCl11
3KCl11
4MgCl211
5PEG 40012
6KCl12
7MgCl212
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8.6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 %(v/v)PEG4001drop
250 mM1droppH8.6
3100 mM1dropKCl
410 mM1dropMgCl2
54 %(v/v)glycerol1drop
63 mg/mlRNA1drop
74.8 mg/mlSacL11drop
827 %(v/v)PEG4001reservoir
950 mMTris-HCl1reservoirpH8.5
10100 mM1reservoirKCl
1110 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9762,0.9330
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月28日
放射モノクロメーター: Double crystal focusing monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97621
20.9331
反射解像度: 2.65→25 Å / Num. all: 22839 / Num. obs: 22839 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 70 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.376 / % possible all: 97.2
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. obs: 35675 / Num. measured all: 277313
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.2 % / Mean I/σ(I) obs: 6

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.65→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1263310.5 / Data cutoff high rms absF: 1263310.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 952 5 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all0.259 19127 --
obs0.219 19127 99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.521 Å2 / ksol: 0.32442 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.16 Å25.66 Å20 Å2
2--6.16 Å20 Å2
3----12.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1720 1185 3 94 3002
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.39
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.491.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.592
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.752
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.72.5
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 94 5.1 %
Rwork0.338 1740 -
obs--97.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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