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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mtj | ||||||
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タイトル | PHE46(CD4) ORIENTS THE DISTAL HISTIDINE FOR HYDROGEN BONDING TO BOUND LIGANDS IN SPERM WHALE MYOGLOBIN | ||||||
要素 | MYOGLOBINミオグロビン | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydrogen peroxide mediated signaling pathway / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physeter catodon (マッコウクジラ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Li, T. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 1995 タイトル: Phe-46(CD4) orients the distal histidine for hydrogen bonding to bound ligands in sperm whale myoglobin. 著者: Lai, H.H. / Li, T. / Lyons, D.S. / Phillips Jr., G.N. / Olson, J.S. / Gibson, Q.H. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: High-Resolution Crystal Structures of Distal Histidine Mutants of Sperm Whale Myoglobin 著者: Quillin, M.L. / Arduini, R.M. / Olson, J.S. / Phillips Jr., G.N. #2: ジャーナル: Proteins / 年: 1990 タイトル: Crystal Structure of Myoglobin from a Synthetic Gene 著者: Phillips Jr., G.N. / Arduini, R.M. / Springer, B.A. / Sligar, S.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mtj.cif.gz | 46.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mtj.ent.gz | 32.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mtj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/1mtj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/1mtj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17317.121 Da / 分子数: 1 変異: INITIATOR MET, PHE 46 REPLACED BY VAL AND ASP 122 REPLACED BY ASN (INS(MET 0), F46V, D122N) 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DEOXY 由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) 遺伝子: SYNTHETIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | DEOXY FORM, NO ATOM IS COORDINATE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.72 % |
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.1621 / Rfactor obs: 0.1621 / 最高解像度: 1.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.7 Å
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拘束条件 |
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拘束条件 | *PLUS タイプ: x_dihedral_angle_d / Dev ideal: 21.662 |