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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mm9 | ||||||
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タイトル | Streptavidin Mutant with Insertion of Fibronectin Hexapeptide, including RGD | ||||||
要素 | Streptavidinストレプトアビジン | ||||||
キーワード | Biotin-binding protein / tetramer (四量体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / isomorphous / 解像度: 1.66 Å | ||||||
データ登録者 | Le Trong, I. / McDevitt, T.C. / Nelson, K.E. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Structural characterization and comparison of RGD cell-adhesion recognition sites engineered into streptavidin. 著者: Le Trong, I. / McDevitt, T.C. / Nelson, K.E. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mm9.cif.gz | 64.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mm9.ent.gz | 48.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mm9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/1mm9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/1mm9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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3 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13564.644 Da / 分子数: 1 / 断片: Core Streptavidin (residues 13-139) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 遺伝子: core streptavidin / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P22629 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.71 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: MPD, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.66→50 Å / Num. all: 17197 / Num. obs: 17197 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 28.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.66→1.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 689 / % possible all: 81.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.65 Å / % possible obs: 98.9 % / Num. measured all: 240518 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.65 Å / % possible obs: 81.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: isomorphous / 解像度: 1.66→20 Å / Num. parameters: 9480 / Num. restraintsaints: 12020 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
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Refine analyze | Num. disordered residues: 3 / Occupancy sum hydrogen: 877 / Occupancy sum non hydrogen: 1038.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.66→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.145 / Rfactor Rfree: 0.195 / Rfactor Rwork: 0.134 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.176 / Rfactor Rwork: 0.119 / Rfactor obs: 0.13 |