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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mg0 | ||||||
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タイトル | Horse Liver Alcohol Dehydrogenase Complexed With NAD+ and 2,3-Difluorobenzyl Alcohol | ||||||
要素 | Alcohol Dehydrogenase E chain | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / dehydrogenase (脱水素酵素) / alcohol / nicotinamide coenzyme / alternative conformation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / アルコールデヒドロゲナーゼ / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / zinc ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Rubach, J.K. / Plapp, B.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Mobility of Fluorobenzyl Alcohols Bound to Liver Alcohol Dehydrogenases as Determined by NMR and X-ray Crystallographic Studies 著者: Rubach, J.K. / Plapp, B.V. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Structures of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase Complexed with NAD+ and Substituted Benzyl Alcohols 著者: Ramaswamy, S. / Eklund, H. / Plapp, B.V. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982 タイトル: BINDING OF SUBSTRATE IN A TERNARY COMPLEX OF HORSE LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE 著者: Eklund, H. / Plapp, B.V. / Samama, J.P. / Branden, C.I. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981 タイトル: STRUCTURE OF A TRICLINIC TERNARY COMPLEX OF HORSE LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE AT 2.9 A RESOLUTION 著者: Eklund, H. / Samma, J.P. / Wallen, L. / Branden, C.I. / Akeson, A. / Jones, T.A. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976 タイトル: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF HORSE LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE AT 2-4 ANGSTROMS RESOLUTION 著者: Eklund, H. / Nordstrom, B. / Zeppezauer, E. / Soderlund, G. / Ohlsson, I. / Boiwe, T. / Soderberg, B.O. / Tapia, O. / Branden, C.I. / Akeson, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 OF ...BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 OF THE BIOLOGICALLY ACTIVE DIMERIC MOLECULES AB AND CD (4 CHAINS). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mg0.cif.gz | 305.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mg0.ent.gz | 247.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mg0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/1mg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/1mg0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The enzyme is active as homodimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39853.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 器官: Liver肝臓 参照: UniProt: P00327, アルコールデヒドロゲナーゼ #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-NAD / #4: 化合物 | ChemComp-DFB / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: dialysis / pH: 7 / 詳細: MPD, pH 7.0, Dialysis, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 6.7 / 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月12日 / 詳細: confocal osmic |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 118298 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.18 / % possible all: 50 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 88 % / Num. measured all: 243387 / Rmerge(I) obs: 0.04 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 50 % / Rmerge(I) obs: 0.18 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HLD 解像度: 1.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.409 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20 /
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 5.1.27 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.214 / Rfactor Rwork: 0.179 / 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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